Jeho cílem je zjednodušení a zpřehlednění právní úpravy, řešení některých aplikačních potíží, přizpůsobení se postupující digitalizaci a snížení administrativní zátěže jak na straně adresátů právní úpravy, tak i na straně státu. "Novela zákona o církvích a náboženských společnostech zvyšuje dostupnost veřejné správy a přináší digitalizaci některých výstupů z církevních rejstříků a jejich propojení se systémy veřejné správy," uvedl ministr Baxa.

Předložený zákon mění zejména právní úpravu právnických osob zakládaných registrovanými církvemi a náboženskými společnostmi a evidovaných podle tohoto zákona, především zjednodušuje a sjednocuje pravidla jejich evidence v rejstříku. Navrhované změny se dotýkají také tzv. zvláštních práv registrovaných církví a náboženských společností. Novinkou se má stát možnost požádat o přiznání oprávnění k výkonu jen jednoho nebo několika zvláštních práv (doposud církve a náboženské společnosti mohou požádat pouze o přiznání oprávnění k výkonu všech zvláštních práv najednou jako celého "balíčku", nikoli jednotlivě) a zavádí se také možnost požádat o zrušení oprávnění k výkonu některého nebo všech zvláštních práv (nyní lze tato práva pouze nevykonávat, jejich zrušení není možné). Další důležitou změnou je výslovné stanovení možnosti získat v elektronické podobě úředně ověřené výpisy z rejstříků vedených podle tohoto zákona. Navrhuje se také zrušení povinného ručení registrovaných církví a náboženských společností za závazky jejich evidovaných právnických osob v likvidaci, protože taková úprava se nevyskytuje ani u jiných srovnatelných právnických osob v českém právu (např. spolků), ani u církevních subjektů v zahraničí. Návrh obsahuje i drobné změny zákona o správních poplatcích, vyvolané změnami zákona o církvích a náboženských společnostech.