Masarykovo nádraží leží přímo v centru Prahy a je třetí nejfrekventovanější stanicí na české železnici. Cílem rozsáhlých úprav, které Správa železnic chystá, je přinést cestujícím komfort odpovídající dnešní době. Dojde zejména k rozšíření počtu nástupišť a kolejí a urbanistickému začlenění prostoru nádraží do jeho okolí. Nové nástupiště využijí zejména budoucí vlaky na letiště. Odstranění bariéry v území pak zajistí nová platforma nad kolejištěm. Ta bude tvořit nejen komunikační propojení Florence s Hybernskou ulicí a Masarykova s hlavním nádražím, ale nabídne i nový vestibul pro čekající cestující. Z něj povedou eskalátory, schodiště a výtahy rovnou na jednotlivá nástupiště. Část platformy se osadí zelení a vznikne tak klidová oáza přímo v centru metropole.

Ve stanici bude celkem šest bezbariérových nástupišť. Rekonstrukcí projde kolejiště, veškeré technologie, trakční vedení a napájení. Stavba bude probíhat za provozu, nutná budou pouze dílčí omezení provozu odpovídající jednotlivým etapám realizace projektu.

Přestavba Masarykova nádraží je součástí modernizace železnice z centra Prahy do Kladna. Ta je rozdělena na několik etap. V loňském roce začaly práce hned na dvou úsecích, konkrétně na úseku z Kladna do Kladna-Ostrovce a na trati mezi stanicí Praha-Bubny a budoucí novou zastávkou Praha-Výstaviště.