Systém financování veřejných vysokých škol, který nastavilo MŠMT, nepomáhá k tomu, aby se zlepšila na těchto školách kvalita vzdělání. Samo si přitom zlepšení kvality vysokých škol určilo jako jednu z dlouhodobých priorit. Ministerstvo v posledních letech přiděluje veřejným vysokým školám stále více peněz v příspěvcích na počet studentů na úkor peněz rozdělovaných na základě výsledků. Postupuje tak zcela opačně, než si samo stanovilo.

V mezinárodním srovnání jsou sice výdaje na jednoho studenta nízké, vysoké školy ale zároveň v kontrolovaných letech každoročně nevyčerpaly prostředky, které měly k dispozici, a převáděly je na své fondy. V letech 2014 až 2019 narostly zůstatky těchto fondů o 45 %. V roce 2019 představoval zůstatek fondů celkem 19 miliard korun. To je přibližně 42 % objemu peněz, které MŠMT ve stejném roce vyplatilo veřejným vysokým školám.

Kontrola poukázala i na to, že plány veřejných vysokých škol na jejich dlouhodobý rozvoj jsou mnohdy jen obecné. To je také jeden z důvodů, proč nejsou školy schopny čerpat peníze, které pro ně MŠMT vyčlenilo na dlouhodobé investice.

Českým veřejným vysokým školám se řadu let nedaří zlepšit postavení v mezinárodním srovnání. Například v nejstarším hodnoticím žebříčku ARWU se z 26 českých veřejných vysokých škol umístilo v roce 2020 jen sedm a pouze jedna dosáhla na místo v první polovině z tisícovky hodnocených škol.

Lépe na tom není ČR ani v mezinárodním porovnání celého vysokoškolského systému. Od roku 2013 si pohoršila ve všech ukazatelích a v roce 2020 se umístila na 29. místě z 50 zemí. V oblasti výsledků dosáhla dokonce jen asi třetinové hodnoty oproti nejúspěšnější zemi.

Úspěšné nejsou české veřejné vysoké školy ani v získávání peněz ze zahraničních výzkumných grantů EU a také se jim nedaří navazovat větší spolupráci se soukromým sektorem. Z údajů, podle kterých MŠMT hodnotí kvalitu výzkumu na veřejných vysokých školách, navíc vyplývá, že se zhoršuje kvalita i relevance těchto výzkumů. Nastavený systém financování navíc klade důraz na kvantitu, a ne na kvalitu výzkumu.

Kontrola poukázala i na to, že ČR se sice daří zvyšovat podíl osob s vysokoškolským vzděláním, oproti zahraničí ale výrazně převažují absolventi magisterských oborů. Je jich až třikrát víc než absolventů bakalářského studia. V zemích EU je tento poměr vyrovnaný. V ČR je ve srovnání se zeměmi EU také málo profesně zaměřených bakalářských oborů, které se více orientují na odbornou praxi a přípravu na budoucí povolání. Roste také počet vysokoškoláků, kteří pracují na místech, kde není takový stupeň vzdělání potřeba.