Spolupráci s mezinárodními organizacemi za ČR koordinuje MZV a jednotlivé resorty pak mají na starosti konkrétní spolupráci s organizacemi, které spadají do jejich agendy. Každý resort by měl MZV informovat o navázání spolupráce s mezinárodními organizacemi. Kontrola ale ukázala, že MZV se o tom vůbec nemusí dozvědět.

Nové smlouvy s mezinárodními organizacemi nebo nové finanční závazky vůči těmto organizacím by měla nejdříve schválit vláda a mělo by o nich vědět i MZV. Kontroloři ale zjistili, že u poloviny z 28 případů uzavřely resorty spolupráci, aniž by o nich vláda a MZV věděly.

MZV má mít také celkový přehled o tom, s jakými mezinárodními organizacemi ČR spolupracuje a jaké jsou přínosy této spolupráce. Ani k jednomu si ale nedokázalo zajistit potřebné informace, a neplnilo tak úkoly dané usnesením vlády. NKÚ proto získal informace od všech správců kapitol státního rozpočtu a České národní banky vlastním dotazníkovým šetřením. Z něj vyplynulo, že ČR spolupracovala v roce 2018 s 477 organizacemi a zaplatila jim 4,4 miliardy korun.

V roce 2013 uložila vláda resortům, aby vytipovaly, kde by mohla ČR při spolupráci s mezinárodními organizacemi ušetřit. U 16 organizací navrhly resorty úspory celkem přes 18 milionů korun, tedy 0,5 % všech ročních výdajů na spolupráci s mezinárodními organizacemi. MZV ale nesledovalo, jestli k úsporám skutečně došlo. Samo MZV a další resorty ještě v roce 2018 zaplatily 10,5 milionu korun organizacím, u kterých navrhovaly členství ukončit.

Aby se zlepšila spolupráce a výměna informací mezi resorty i MZV, vznikla v roce 2015 pracovní skupina. Ta se ale sešla jen jednou a další čtyři roky ji MZV nesvolalo ani nepoužilo podněty z této jediné schůzky. Koordinace mezi resorty, kterou má řídit MZV, se nikam neposunula.

Nedostatky při řízení vlastní spolupráce s mezinárodními organizacemi zjistili kontroloři také u MŠMT. Resort si například určil cíle spolupráce jen pro některé mezinárodní organizace.