Správy národních parků hospodaří celkem s majetkem za více než 7 miliard korun. NKÚ prověřil hospodaření u všech čtyř. Zjistil například, že Správa Krkonošského národního parku postupovala nehospodárně při pronájmu pozemků. Pronajala pozemek pro lanovku a sjezdovku za cenu o více než 861 tisíc korun nižší, než kolik byly roční sazby nájemného uvedené ve smlouvě.

Chyby zjistili kontroloři také v zadávání veřejných zakázek. Správa Národního parku České Švýcarsko nepostupovala podle zákona při zadávání dvou nadlimitních veřejných zakázek celkem za více než 20 milionů korun. Správa Národního parku Podyjí u dvou veřejných zakázek celkem za více než jeden milion korun nevypsala soutěž, ve které by mohla vybírat z více nabídek, a napřímo je zadala jednomu dodavateli.

"Nedostatky v hospodaření jsou jedna věc. Důležité je ale také to, že správy národních parků musí pokrývat své náklady z velké části výnosy z prodeje dřeva. Ty ale budou v dalších letech klesat a stát dosud nemá jasno, jak bude nejen financování, ale i další rozvoj národních parků řešit," doplnil člen NKÚ RNDr. Petr Neuvirt, který kontrolu vedl.

Správy národních parků zajišťují ochranu přírody a finance na svoji činnost získávají od MŽP, z dotací a také z vlastních zdrojů. Jejich náklady představovaly v roce 2018 téměř 1,1 miliardy korun a z cca 44 % je pokryly prodejem dřeva. V národních parcích totiž kvůli přírodním vlivům a také kvůli přemnožení škůdců vzrostla jeho těžba. V roce 2018 byla oproti roku 2016 větší o 61 %. Obdobně jsou na tom i další lesy. Proto klesá prodejní cena dřeva jak na českém, tak na evropském trhu. V dalších letech nebudou výnosy z prodeje dřeva tak výrazné, což znamená riziko pro financování správ národních parků. To by měla řešit koncepce vícezdrojového financování péče o přírodu a krajinu. MŽP ji mělo vytvořit do roku 2017, dosud ale nevznikla a další termín ministerstvo stanovilo na rok 2020.

NKÚ také zjistil, že kvůli nejednoznačnosti v zákoně o ochraně přírody a krajiny dochází k převodům přírodně cenných pozemků, které jsou na území národních parků, aniž by nabídku na tyto pozemky dostal přednostně stát. Například u Správy Krkonošského národního parku eviduje MŽP 600 takových případů. Výkupem těchto pozemků by mohl stát zvětšit přírodně cenné území, které má ve své správě, a mohl by s ním efektivněji hospodařit.