Kontrola ukázala, že MZe nedefinovalo cíle programu konkrétně a měřitelně, aby bylo možné vyhodnotit, jaké měla poskytnutá podpora přínosy pro rozvoj venkova. MZe na zjišťování takového přínosu v podstatě rezignovalo i na úrovni jednotlivých projektů. Údaje požadované v žádostech o dotaci a v monitorovacích zprávách nejsou vzájemně provázány, a lze tedy jen těžko ověřit, zda projekt dosáhl zamýšleného cíle, pro který byl vybrán k podpoře.

Zatímco u podpory investic zemědělských podniků byla situace lepší a v pěti kontrolovaných projektech ze sedmi bylo zřejmé a ověřitelné, jak tyto investice přispěly např. k vyšší produktivitě farmy či péči o chovaná zvířata, u třinácti projektů na podporu nezemědělských činností a agroturistiky tomu bylo naopak. Ani jeden z nich nebyl kontrolory NKÚ hodnocen bez výhrad. Příjemci podpory nenastavili konkrétní a měřitelné cíle k hodnocení účelnosti nebo významně nedosahovali předpokládaných ekonomických výsledků z nezemědělské činnosti, na kterou obdrželi podporu. SZIF schvaloval k podpoře i projekty, u nichž byly už v žádosti o dotaci uvedeny příliš obecné cíle typu: "dojde k uspokojení občanů a návštěvníků obce..." nebo: "... dojde k využití potenciálu venkova a venkovského prostředí... ke zlepšení kvality života ve venkovských oblastech".

Kontroloři NKÚ byli překvapeni množstvím chyb v monitorovacích zprávách. Chybné údaje odhalili u poloviny z 20 kontrolovaných projektů, přičemž v některých případech byly nesprávné údaje zcela zjevné. Příjemci například nevykázali tržby za projekt, ale za celý podnik; v jiném případě uvedli, že z nezemědělských činností, na které čerpali dotaci, nedosáhli žádných tržeb, ačkoliv kontrola NKÚ ukázala, že tržby měli. SZIF obsah zpráv vůbec nekontroloval a nepožadoval tedy jejich revizi. Kontrolorům NKÚ úředníci Státního zemědělského intervenčního fondu dokonce sdělili, že uvedená data ve své činnosti nijak nevyužívali. Ověřovali jen, zda zprávy byly odevzdány v termínu. A zatímco za nedodání zprávy se příjemce vystavoval riziku sankce, za nepravdivé údaje nikoliv. Takto praktikovaný monitoring nejenže neplní svůj účel, ale je ve svém důsledku zbytečnou administrativní zátěží.

Za významný nedostatek považuje NKÚ i fakt, že SZIF ani MZe ve třech případech neoznámily orgánům činným v trestním řízení skutečnosti nasvědčující spáchání trestného činu ze strany žadatele o dotaci. Tuto povinnost jim přitom ukládá zákon. Šlo o podaná odvolání proti neudělení dotace. NKÚ kontrolou vzorku 15 projektů zjistil, že ve čtyřech případech obsahovaly materiály určené pro přezkum rozhodnutí o nepřidělení dotace popis skutečností nasvědčujících spáchání trestného činu. MZe a stejně tak i SZIF těmito informacemi prokazatelně disponovaly. Přesto SZIF podal pouze jedno trestní oznámení.