Odstraňování starých ekologických zátěží začalo v ČR již v roce 1991, tedy před 32 lety. Stát za ně zatím zaplatil 66,2 mld. Kč. V době kontroly NKÚ stále nebylo ukončeno 120 z 327 uzavřených ekologických smluv, tedy 37 % z nich. MF zamýšlelo proces odstraňování starých ekologických zátěží od roku 2018 výrazně urychlit a dokončit jej do konce roku 2028. K tomu však nedojde, neboť přijatá opatření MF nebyla v tomto směru účinná. Stále existují lokality, ve kterých sanace ani nezačala. Podle posledních odhadů MF budou staré ekologické zátěže odstraňovány nejméně do roku 2042. NKÚ už v minulosti opakovaně upozorňoval, že proces odstraňování těchto zátěží je pomalý a málo účinný.

Pomalé tempo ilustrují např. ropné laguny Ostramo. Ekologická smlouva byla uzavřena v roce 1997. Kaly se začaly odstraňovat a likvidovat v létě 2004 a tento proces trval 18 let. Navazující sanace kontaminovaných zemin v blízkosti lagun je stále v přípravné fázi. Skončit by měla v roce 2032, tj. 35 let od uzavření ekologické smlouvy.

Důsledkem pomalého tempa je růst výdajů státu. Odstraňování starých ekologických zátěží prodražují tzv. povinná ochranná sanační čerpání. Jde o dočasné nápravné opatření, které má do doby definitivní sanace zabránit šíření kontaminace podzemními vodami do okolí. Stav udržuje nebo ho jen mírně zlepšuje. NKÚ zjistil, že toto dočasné opatření (které hradí MF) trvalo v devíti lokalitách více než 10 let a např. v lokalitě Koksovna Jan Šverma dokonce nepřetržitě 25 let. Jen za toto jedno opatření už MF zaplatilo celkem 187,3 mil. Kč.

Ačkoliv mělo MF v letech 2018 až 2022 pro urychlení odstraňování starých ekologických zátěží na zvláštních účtech privatizace k dispozici každoročně 2,5 mld. Kč, vynakládalo podstatně méně - v průměru jen 35 % této částky. NKÚ v této souvislosti upozorňuje, že v budoucnu může hrozit nedostatek prostředků na těchto účtech. Důvodem jsou nestabilní a kolísavé příjmy (tvoří je především dividendy ČEZ) a také fakt, že od roku 2019 se každoročně část těchto prostředků převádí do státního rozpočtu. Např. v roce 2022 vláda schválila převod 24 mld. Kč a v roce 2023 už dokonce 54 mld. Kč.

Při uzavírání ekologických smluv se stát nabyvatelům privatizovaného majetku zavázal uhradit náklady na odstranění ekologické zátěže do předem stanovené výše (tzv. garance). Podle zjištění NKÚ však v dubnu 2023 nepostačovala státní garance na pokrytí potřebných výdajů u 16 lokalit. V patnácti případech tak byly sanační práce zastaveny, omezeny, případně nebyly vůbec zahájeny. Jen v jednom případě hradil pokračování sanace sám nabyvatel privatizovaného majetku. Za odstranění starých ekologických zátěží sice odpovídá nabyvatel majetku, ale podle platné legislativy u ekologických smluv ukončených z důvodu nedostatečné garance nemůže stát dokončení sanace po nabyvateli vymáhat. Podle NKÚ existuje riziko, že poroste počet lokalit, kde sanace nebudou z důvodu vyčerpání státní garance dokončeny. Hrozí tak šíření kontaminace, a to i do území, jejichž sanaci stát již zaplatil.