Modernizace nádraží přinese zvýšení jeho kapacity, vlaky budou zastavovat u devíti namísto dosavadních sedmi kolejí. Všech šest nástupišť ve stanici bude mít bezbariérový přístup, jejich nová výška zajistí pohodlný nástup do vlakových souprav.

Nádraží přestane tvořit bariéru pro okolní území, a to díky platformě nad celým kolejištěm. Ta umožní nejen komunikační propojení Florence s Hybernskou ulicí a Masarykova s hlavním nádražím, ale nabídne i nový vestibul pro čekající cestující. Z něj se dostanou eskalátory, schodišti a výtahy rovnou na jednotlivá nástupiště. Část platformy se osadí zelení a vznikne tak klidová zóna přímo v centru metropole.

Rekonstrukcí projde celé kolejiště, veškeré technologie, trakční vedení a napájení. Stavba bude probíhat za provozu, vyžádá si pouze dílčí omezení odpovídající jednotlivým etapám realizace projektu.

Realizace stavby Modernizace a dostavba ŽST Praha Masarykovo nádraží je schválena ke spolufinancování Evropskou unií z Nástroje pro propojení Evropy (CEF).