Realizace stavby přinesla především zcela zásadní modernizaci stanice Praha-Vysočany, jejíž původní nádražní budova se z historických důvodů nacházela uprostřed kolejiště. Přístup z podchodu byl pouze po schodech. V nové podobě tvoří stanici tři nová nástupiště, která díky své výšce umožňují pohodlný nástup do vlaků. Pro přístup je možné použít dva prostorné podchody vybavené eskalátory a výtahy. Odbavení cestujících probíhá v nové nádražní budově, k dispozici mají také obchod a toalety.

Lepší komfort získali rovněž cestující ve stanici Praha-Horní Počernice, kde stávající ostrovní nástupiště doplnilo nové vnější u nádražní budovy. Ta prošla během stavby celkovou obnovou. Moderní nástupiště i zrekonstruovanou čekárnu má nyní také zastávka v Zelenči.

Na souběhu tratí do Neratovic a Lysé nad Labem vznikl regulérní tříkolejný úsek. Jeho součástí je i zcela nová zastávka Praha-Rajská zahrada, která se otevře pro veřejnost tuto neděli. Ve spolupráci s hlavním městem Prahou byla vybudována nová lávka, jež propojí místní část Hutě se stanicí metra Rajská zahrada. Tím vznikne nová přestupní vazba mezi vlakem a MHD.

Stavba dále zahrnovala rekonstrukci železničního svršku a spodku, trakčního vedení a zabezpečovacího zařízení. Stavbaři vybudovali několik nových propustků a podchodů, které propojily oblasti dosud rozdělené železnicí. Frekventovaný přejezd v Bystré ulici v Horních Počernicích byl nahrazen podjezdem. U stávajících mostů došlo v rámci stavebních úprav ke zvýšení průjezdné výšky komunikací a jejich rozšíření o chodníky. Nebezpečnému přecházení kolejí přes železniční trať ve Stoliňské ulici pak zamezí nový podjezd pro cyklostezku.

Zhotoviteli stavby byly společnosti Subterra (správce sdružení), OHLA ŽS, EUROVIA CS a Elektrizace železnic Praha. Projekt Optimalizace traťového úseku Mstětice (mimo) - Praha-Vysočany (včetně) je spolufinancovaný Evropskou unií z programu Nástroj pro propojení Evropy (CEF). Celkové investiční náklady dosáhly 5 407 803 659 Kč bez DPH. Evropský příspěvek je ve výši 131 496 521 eur, tedy cca 3 154 996 028 Kč. Financování z národních zdrojů zajistil Státní fond dopravní infrastruktury.