Kontroloři zjistili, že koncepční záměry výstavby dálnice D35 schválené vládou a harmonogramy uvedené v koncepčních a strategických materiálech se Ministerstvu dopravy nedaří dodržovat. Např. podle usnesení vlády z roku 2001 měla být výstavba všech úseků zahájena nejpozději do roku 2010. Výstavba tehdy ještě rychlostní silnice R35 byla označena za vládní prioritu. Dvaadvacet let od tohoto vládního usnesení ještě nebyla zahájena výstavba 11 z celkem 21 úseků dálnice. Tyto úseky, dohromady dlouhé 108 km, byly v době ukončení kontroly NKÚ v květnu 2023 teprve v přípravě. Zprovozněno bylo zatím 90 km, tedy 43 % celkové plánované délky dálnice D35. Náklady na přípravu a výstavbu 14 kontrolovaných úseků dálnice mají dosáhnout 96,6 mld. Kč, podle zjištění kontrolorů bylo zatím vynaloženo 13,4 mld. Kč.

U 14 kontrolovaných úseků dálnice trvala příprava staveb (od vydání souhlasného stanoviska k posouzení vlivů na životní prostředí do získání stavebního povolení) v průměru 12 let. A například u stavby Křelov-Slavonín dlouhé 3,3 km trvala příprava 27 let. Hlavními příčinami zpoždění byly podle zjištění NKÚ problémy ŘSD spojené se získáváním územních rozhodnutí a majetkoprávním vypořádáním pozemků (šlo zejména o výkupy pozemků a zajištění podkladů pro vyvlastnění). Příčinou dlouhé doby trvání územních řízení bylo většinou to, že ŘSD předložilo stavebnímu úřadu neúplné podklady. Řízení prodlužovalo i podávání námitek a odvolání účastníků řízení.

Prodlužování přípravy staveb a oddalování výstavby zvedá náklady. Například dálniční úsek mezi Opatovicemi nad Labem a Opatovcem měl být podle původních dopravních strategií dokončen do roku 2021 s náklady 31,1 mld. Kč, pak do roku 2023 s náklady 31,2 mld. Kč. Podle aktuálních předpokladů ŘSD bude dálnice v tomto úseku dokončena nejdříve v roce 2027, tj. o šest let později, s náklady ve výši přibližně 38,7 mld. Kč. Bude tedy o 7,6 mld. Kč dražší.

Dva dálniční úseky v celkové délce zhruba 35 km mezi Opatovcem a Mohelnicí se mají na základě rozhodnutí vlády z roku 2022 stavět formou partnerství veřejného a soukromého sektoru (tzv. PPP projekt). Ze studie proveditelnosti vyplynulo, že výstavba těchto úseků dálnice formou PPP je o 4,1 % výhodnější. Ovšem projekt se oproti předpokladům MD opožďuje. Podle NKÚ je realizace PPP projektu ohrožena riziky jak na straně ŘSD, zejména kvůli nedokončení majetkoprávní přípravy a nezajištění pravomocných stavebních povolení před uzavřením koncesionářské smlouvy, tak na straně MD, kde se komplikuje průběh zadávacího řízení na koncesionáře a vznikají prodlevy mezi jednotlivými fázemi přípravy PPP projektu.

Kvůli zpožďování výstavby tak na stávající silnici stále přetrvávají negativa, jako jsou průtahy městy a obcemi, vysoká intenzita dopravy, nehodovost, zatížení životního prostředí či prodlužování cestovního času. Naopak po dokončení by měla D35 významně uspořit čas strávený na cestách a zlepšit životní prostředí, protože nová trasa povede mimo centra měst a obcí. Především by však měla coby druhé kapacitní propojení Čech a Moravy převzít část dopravní intenzity z dálnice D1.