Podle kontrolorů jsou specifické cíle OP Rybářství ze strany MZe a příjemců podpory průběžně plněny, vzájemně provázány a existuje reálný předpoklad pro jejich naplnění. Jen u opatření na podporu inovací nestanovilo MZe vhodné ukazatele (indikátory), aby přinášely dostatečné informace o přínosech těchto inovací v praxi. MZe tedy nemá přehled, v jaké míře a zda vůbec jsou inovace ve skutečnosti zaváděny do rybářské praxe.

Jedním ze záměrů OP Rybářství bylo založit v České republice organizace producentů, tedy sdružení chovatelů a zpracovatelů ryb zajišťující centralizovaný nákup a prodej produktů. Jejich vznik měl mimo jiné zvýhodnit pozici producentů při jednání zejména se silnými obchodními řetězci. Ukázalo se však, že především z důvodu povinnosti sdílet své hospodářské a sociální údaje neměly rybářské podniky zájem do organizací producentů vstupovat. Ani zjednodušení pravidel nevedlo ke zřízení alespoň jedné organizace producentů. MZe tedy přesunulo nevyčerpanou alokaci do jiných opatření.

Ačkoliv cíl zvýšit spotřebu sladkovodních ryb není uveden mezi cíli OP Rybářství, je obsažen ve "Víceletém národním strategickém plánu pro akvakulturu do roku 2024". MZe zřídilo příspěvkovou organizaci "Zařízení služeb MZe", která měla za úkol mj. právě propagovat sladkovodní ryby, a to např. pomocí kampaně "Ryba na talíři". Zařízení služeb MZe mělo v plánu uskutečnit celkem 27 propagačních projektů. V důsledku administrativních chyb či kvůli jiným nedostatkům v předložených žádostech o dotaci nakonec MZe schválilo a v rámci OP Rybářství proplatilo pouze pět projektů.

Propagační aktivity ke zvýšení spotřeby sladkovodních ryb v ČR nevedly. Zatímco v roce 2017 jich jeden obyvatel České republiky spotřeboval v průměru za rok 1,29 kg, v roce 2021 ještě o něco méně - pouze 1,23 kg. Spotřeba sladkovodních ryb tedy v ČR stagnuje.

Kontroloři NKÚ také poukázali na to, že u výdajů souvisejících s propagačními kampaněmi nenastavilo MZe finanční limity. Nevytvořilo tak podle kontrolorů dostačující podmínky pro hospodárné vynakládání peněžních prostředků.

Ekonomický význam rybářství v ČR je marginální. Je však vyvážen přínosem v podobě mimoprodukčních funkcí rybníků - zejména akumulace vody v krajině, zadržení (retence) vody při povodních či zajišťování sportovních a rekreačních funkcí. To vše je také mimo jiné smyslem podpory z OP Rybářství pro zachování tradiční české akvakultury.