Interpretace NKÚ vychází z předpokladu, že příroda je jednoduchý mechanický systém a lze přesně stanovit, jak se bude v příštím roce vyvíjet. Protože se však příroda neustále mění a její stav ovlivňuje řada faktorů, nelze pro hodnocení smysluplně stanovit jednoduché indikátory, jako je obvyklé například pro výstavbu dopravní infrastruktury. Právě proto AOPK ČR má dlouhodobě vybudovaný systém plánování péče a sledování stavu zvláště chráněných území. Hodnocení efektivity vynakládaných prostředků je třeba provádět v delších časových řadách a mnohem podrobněji. S kontrolory proběhla řada velmi otevřených jednání nad způsobem zajištění povinností státu při péči o zvláště chráněná území, závěry kontroly jejich výstupy nereflektují a výsledná interpretace se zásadním způsobem odchyluje od reálné situace.

AOPK ČR je významným správcem státních lesů a jedním z největších správců rybníků v České republice. Mezi svěřený státní majetek patří například Máchovo jezero, Bohdanečský rybník, Nesyt a dalších 150 rybníků. Přesto nemá rozpočtové zdroje na jejich správu ani ve výši účetních odpisů. Jen na péči o evropsky významná chráněná území by ročně mělo být vynaloženo 3,7 mld. Kč. Z této částky se však dlouhodobě daří vynakládat pouze zlomek.

Národní dotační programy v čele s Programem péče o krajinu (dále jen PPK) slouží zejména k zajištění zákonné povinnosti orgánů ochrany přírody v návaznosti na opatření specifikovaná v plánech péče o zvláště chráněná území. Podprogram Správa nezcizitelného státního majetku ve zvláště chráněných územích (dále jen MaS) je určen na zajištění povinností státu při správě pozemků ve vlastnictví státu. Prostředky v PPK, POPFK i MaS jsou dlouhodobě podhodnocené a zdaleka neodpovídají potřebě a rozsahu opatření, která jsou specifikována v plánech péče.

AOPK ČR má dlouhodobě vybudovaný systém plánování péče, sledování vývoje a hodnocení dopadů péče na zvláště chráněná území, zahrnující plánování činností, evidenci realizovaných opatření včetně jejich lokalizace, monitoring, nálezovou databázi. Pro Program péče o krajinu nelze stanovení nějakých jednoduchých indikátorů (jako např. počet kilometrů nově postavených cyklostezek apod.) smysluplně provést. Hodnocení efektivity vynakládaných prostředků je třeba provádět v delších časových řadách a mnohem podrobněji. V rámci péče o zvláště chráněná území na každé lokalitě probíhá minimálně v intervalu jednou za 10 let vyhodnocování péče, které je podkladem k úpravám plánovaných opatření. Lokality jsou nadto každoročně navštěvovány a jejich stav se vyhodnocuje průběžně.

Hlavním cílem realizace opatření je zajistit dobrý stav předmětů ochrany - ohrožených druhů a biotopů, zlepšení krajiny. Základní ekonomičnost je zajištěna nastaveným systémem tzv. "nákladů obvyklých opatření" vydávaných MŽP a standardizace péče zajišťovaná AOPK ČR ve spolupráci s akademickými pracovišti . Efektivita je pak průběžně vyhodnocována výše uvedeným způsobem sledování a monitoringu. Důležitý je také systém prioritizace na úrovni lokalit, regionu i státu. Výběr opatření k realizaci je tím komplikovanější, čím méně je k dispozici finančních prostředků. Příroda je mnohovrstevný organismus, reagující na změny zpravidla pozvolna a tomu musí odpovídat komplexnost systému dlouhodobého plánování opatření, jejich prioritizace, vyhodnocování a následné adaptace. Tento systém je v České republice i v mezinárodním srovnání na velmi vysoké úrovni.

Ke konstatování závěru NKÚ, že AOPK porušila zásadu transparentnosti a zákazu diskriminace u jedné z mnoha veřejných zakázek (studie Vliv chování dočasně neposečených ploch na biodiverzitu trvalých travních porostů) v souhrnné výši 2,8 mil. Kč, podala AOPK ČR odvolání a za svým názorem si nadále stojí. Je třeba zdůraznit, že samotný NKÚ v kontrolním závěru AOPK ČR konstatuje, že zkoumané zakázky byly účelně vynaloženy [4]. Rozdílný názor tedy panuje v otázce transparentnosti a jeho dořešení bude otázkou dalších jednání. Studie Vliv chování dočasně neposečených ploch na biodiverzitu trvalých travních porostů byla pořizována jako podklad pro nastavení nové Společné zemědělské politiky. V době, kdy byla studie připravována, se předpokládalo schválení Společné zemědělské politiky v roce 2020. Nemělo tedy smysl plánovat studii, jejíž výsledky by byly známy až po tomto datu. Až když se otevřel časový prostor posunem schválení SZP a s ohledem na signifikantní výsledky první studie, rozhodlo MŽP o zadání další studie s cílem získat další argumenty. Obě studie se navzájem nepodmiňují ani nespojují v jednu, každá existuje samostatně.

AOPK ČR průběžné kontroly NKÚ vítá, v minulosti vždy pomohly k reflexi některých přístupů v nastavení nástrojů a ke zkvalitnění činností. Přestože i tentokrát probíhala s kontrolory řada velmi otevřených jednání nad způsobem zajištění povinností státu při péči o zvláště chráněná území, závěry kontroly jejich výstupy nereflektují a zvláště výsledná interpretace se odchyluje od reálné situace. Kontrola tentokrát žádný využitelný podnět pro zlepšení nastavení administrace ekonomických nástrojů nepřinesla.