Účelem podpory bylo mj. snížit rozdíly v odměňování a riziko obtěžování na pracovišti, omezit nerovný přístup k pracovním pozicím (tzv. skleněný strop, příp. skleněná zeď) nebo usnadnit slučitelnost pracovního a soukromého života. Z kontroly NKÚ však vyplynulo, že projekty směřovaly převážně pouze k informovanosti o problematice rovnosti žen a mužů a u některých zaměstnavatelů k vytvoření interních předpisů. Ve výsledku NKÚ shledal, že pouze 8 % z kontrolovaného objemu peněžních prostředků přispělo, nebo má alespoň potenciál přispět, k dosažení účelu podpory ve všech těchto klíčových otázkách.

Přestože v ČR dlouhodobě existuje významná nerovnost v odměňování mužů a žen za stejnou práci, u více než jedné čtvrtiny auditovaných organizací nebyla tato oblast vůbec prověřována. Docházelo totiž k paradoxním situacím, že tyto dobrovolně auditované organizace, jejichž cílem by mělo být v případě zjištěných nedostatků či slabých míst jejich následné odstranění, odmítly poskytnout informace o výši odměn na jednotlivých pozicích.

Jak NKÚ dále zjistil, MPSV schvalovalo žádosti o podporu, přestože neznalo totožnost auditované organizace. Týkalo se to 54 % organizací z vybraného vzorku projektů. Mezi auditovanými organizacemi se tak objevily i takové, které veřejně deklarovaly, že se hlásí k politice rovnosti a zákazu diskriminace, nebo dokonce ty, které obdržely ocenění v oblasti rovných příležitostí. Auditován byl např. vítěz desátého ročníku soutěže "Úřad roku Půl na půl - respekt k rovným příležitostem". Navíc v 11 % případů byla auditována zcela jiná organizace, než byla uvedena v žádosti o podporu.

I když by genderový audit měla nejčastěji provádět nezávislá organizace neprovázaná s auditovaným subjektem, propojenost nebyla zjištěna jen v 11 % případů. NKÚ dále odhalil, že v 56 % případů audit probíhal tak, že stejná osoba auditovala, následně se podílela na návrhu řešení nedostatků, poté na provedení navržených opatření a nakonec se účastnila i hodnocení úspěšnosti projektu.

Podle NKÚ Ministerstvo práce a sociálních věcí poskytovalo maximální výši dotace na genderové audity bez ohledu na skutečně odvedený rozsah práce. Například jeden příjemce dotace vykázal 64 hodin za hodnocení genderové rovnosti ve veřejných dokumentech auditované organizace. Ukázalo se, že jedinými "veřejnými dokumenty" byly web a Facebook této organizace, které navíc žádné informace o genderové rovnosti neobsahovaly.

Vzdělávání, které ministerstvo proplatilo, v řadě případů nesouviselo s genderovou problematikou. Někdy dokonce nebylo pro konkrétní zaměstnance potřebné a využitelné. Například stavební společnost s deseti zaměstnanci, z nichž pět vykonávalo dělnické nebo technické profese, uspořádala v průběhu dvou let 19 školení za celkem 503 tis. Kč i na témata jako: prezentační dovednosti, sebeřízení, time management, stres a jeho odstraňování.

Zpráva Světového ekonomického fóra za rok 2022 konstatuje, že v ČR i přes řadu opatření (včetně těch legislativních) přetrvávají genderové nerovnosti, které zasahují do všech oblastí společenského života. Ve srovnání 35 evropských zemí obsadila ČR 29. místo. Přitom s cílem prosazovat rovné příležitosti pro ženy a muže přišla vláda ČR už před čtvrt stoletím, když v roce 1998 schválila "Akční plán pro rovnost žen a mužů".