MZe nesledovalo a nevyhodnocovalo hospodárnost, účelnost ani přínosy vynakládání národních dotací. Při poskytování evropských prostředků MZe neověřovalo, zda podpořené projekty přinesly požadované inovace, nebo se jednalo o pouhou výměnu strojů, zařízení a technologií.

Národní dotace

Kontroloři NKÚ odhalili, že MZe a SZIF nepožadovaly, aby příjemci dotací definovali konkrétní a měřitelné cíle svých projektů. Cíle tudíž byly obecné, nekonkrétní, neměřitelné a nevyhodnotitelné. Není zřejmé, zda došlo ke zvýšení kvality zpracování produktů a zda se zvýšila konkurenceschopnost našich podniků na evropském trhu.

MZe nestanovilo závazné podmínky pro výběr dodavatelů ani maximální limity výdajů na pořízení majetku a služeb. Příjemci dotací tak nebyli nuceni chovat se hospodárně.

MZe a SZIF posuzovaly nezbytnost podpor pro velké podniky pouze formálně. V souladu s nařízením Evropské komise musí mít vnitrostátní podpora motivační účinek. Pro jeho hodnocení neměly MZe a SZIF dostatečné podklady. Rozhodovaly o poskytnutí dotace, aniž by po žadatelích požadovaly doložení jejich tvrzení o přínosu navržených investic. U vybraných příjemců dotací NKÚ zjistil, že každoročně investují do obnovy a modernizace technického vybavení svých provozoven stovky milionů korun. Každoročním opakovaným čerpáním národních dotací z rozpočtu MZe vzniká podle NKÚ riziko tzv. efektu mrtvé váhy, tedy situace, kdy by příjemci investovali i bez veřejné finanční podpory.

V reakci na pandemii covidu-19 vyhlásilo MZe v roce 2020 a 2021 program na podporu zpracovatelů zemědělských produktů nazvaný AGRICOVID POTRAVINÁŘSTVÍ. Šlo o mimořádné dotace, jejichž cílem bylo zmírnit dopady uzavření škol a stravovacích služeb či zvýšených nároků na nouzové zásobování atd. MZe na podporu vyčlenilo prostředky ve výši tří miliard korun. Z nich však nakonec bylo vyčerpáno 206 mil. Kč, tedy cca 7 %.

Evropské dotace

Mikropodniky a malé a střední podniky měly zájem o jednu ze čtyř operací, a to operaci na podporu investic určenou původně právě jim. MZe však v roce 2020 umožnilo čerpat tuto dotaci i velkým podnikům, které tak získaly další zdroj podpory investic. Ministerstvo zemědělství zároveň zvýšilo částku maximální dotace z původních 12 mil. Kč na 37,5 mil. Kč. V tomto kroku spatřuje NKÚ riziko, že prostředky vyčleněné na tuto dotaci vyčerpají právě velké podniky.

Také u další operace, určené na podporu vývoje nových produktů a technologií, MZe zvýhodnilo především velké projekty. Nastavením podmínek totiž umožnilo, aby výdaje na spolupráci s výzkumnou institucí - což byl klíčový prvek operace - tvořily u velkých a finančně významných projektů jen minimální procento výdajů. Tím MZe vytvořilo především velkým zpracovatelským podnikům s finančně významnými projekty další dotační možnost na podporu investic. SZIF proplatil do poloviny května 2022 žadatelům v rámci této operace více než dvě miliardy korun. Z toho 97,5 % bylo použito na investice a cca 2,5 % na spolupráci s výzkumnými institucemi. Většinu prostředků z poskytnutých dotací použili příjemci na pořízení strojů, nákup technologií a na související stavební úpravy. Z celkem 51 projektů připadlo 37 na velké podniky s dotací téměř 1,6 mld. Kč. Mikropodniky a malé a střední podniky uskutečnily 14 projektů a získaly podporu ve výši necelých 485 mil. Kč.