Veřejnosprávní kontrola se soustředila na tři základní oblasti - evidenci majetku, veřejné zakázky a vnitřní kontrolní systém.

V první oblasti bylo zjištěno 15 pochybení. Kromě čistě formálních nedostatků organizace například řádně neodpisovala svůj majetek a chybovala při provádění inventarizace. Těmito nedostatky docházelo k porušování zásad vedení účetnictví, které má zajistit zejména pravdivé a věrné zobrazování majetku a objektivitu účetních informací tj., aby účetní jednotka vedla účetnictví úplně, průkazně a správně.

V druhé oblasti, tedy při kontrole veřejných zakázek, jejich průběhu a realizace plnění, bylo zjištěno celkem 29 pochybení od čistě formálních zjištění po závažnější nedostatky - například chybné zveřejňování v registru smluv, nevyžadování smluvních pokut v případě nedodržení smluv (pozdní dodávky či dokončení prací) či pochybení při převzetí prací a služeb. Kontrolní zjištění se týkají také smluv s firmou Konica Minolta Business Solutions Czech, která pro CERMAT zajišťovala tisk a kompletaci testů jednotných přijímacích zkoušek a státní části maturit. Byla zjištěna pochybení v průběhu zadávacího řízení, rovněž zde nebyla uplatněna smluvní pokuta v době, kdy společnost dodala zařízení až po řádném termínu a docházelo k finančnímu plnění, aniž by byly odsouhlaseny objednávané služby a práce.

Poslední oblast kontroly se soustředila na nastavení a fungování vnitřního kontrolního systému, a to zejména na provádění řídící kontroly a interního auditu. Některé postupy řídící kontroly byly v organizaci dodržovány pouze formálně, což vytvořilo prostor pro pochybení například při finančním plnění ze smluv nebo v případě nevymáhání sankcí.

Resort školství zjištění uvedená v protokolu o kontrole, který má zhruba 150 stran, v následujících dnech detailně zanalyzuje tak, aby byly zjištěné nedostatky odstraněny. Předmětem analýzy ministerstva bude také kontrola nápravných opatření CERMAT, která nové vedení organizace již v řadě zjištění přijalo s cílem zamezit jejich opakování.