MMR např. v rozporu s podmínkami danými zákonem o finanční kontrole zrušilo v CzechTourismu útvar interního auditu. Jedním z důvodů měla být malá pravděpodobnost nepřiměřených rizik při hospodaření s veřejnými prostředky, přitom ministerstvo v minulosti u CzechTourismu tato rizika opakovaně identifikovalo. Funkce zrušeného útvaru měla být nahrazena veřejnosprávní kontrolou ze strany MMR, avšak do doby ukončení kontrolní akce NKÚ (únor 2022) MMR žádnou takovou kontrolu nezahájilo.

Podmínkou pro poskytnutí dotace Horské službě bylo pravidelné předkládání průběžných zpráv o nakládání s dotacemi. Tyto zprávy HS nepředkládala, MMR ji k tomu nevyzvalo a ani nespecifikovalo, jaké doklady má HS doložit. Tím, že resort od roku 2018 neprovedl žádnou kontrolu, nezjistil, že HS své povinnosti neplnila. Přesto Horské službě každoročně dotace poskytoval.

MMR jak u Horské služby, tak u CzechTourismu neodhalilo ani chyby ve veřejných zakázkách. HS chybovala v devíti z deseti NKÚ kontrolovaných veřejných zakázek. Zákon o veřejných zakázkách porušila např. tím, že nezveřejnila ve stanovené lhůtě celé znění smlouvy, nezrušila zadávací řízení, ve kterých byla podána pouze jedna nabídka, či s vybraným uchazečem uzavřela kupní smlouvu před uplynutím 10denní lhůty pro podání námitek. Tyto nedostatky vyhodnotil NKÚ jako porušení rozpočtové kázně celkově ve výši téměř 96,5 mil. Kč. U CzechTourismu zjistil NKÚ nedostatky u 19 z 60 kontrolovaných zakázek. CzechTourism porušil zákon o veřejných zakázkách např. tím, že zaplatil dodavateli za služby, aniž by s ním uzavřel písemnou smlouvu, nebo tím, že opakovaně prodlužoval smlouvu na ostrahu sídla. Smlouvu prodloužil na základě sedmi dodatků celkem o 45 měsíců a zaplatil za to 2,3 mil. Kč. Nutno dodat, že na svůj nezákonný postup sám CzechTourism ministerstvo upozornil. MMR i přesto s prodloužením smluv prostřednictvím dodatků souhlasilo. Zjištěné nedostatky vyhodnotil NKÚ jako porušení rozpočtové kázně v celkové výši 2,97 mil. Kč. V kontrolovaných oblastech hospodaření Centra pro regionální rozvoj nezjistil NKÚ nedostatky.