Zpoždění se týká i projektů transevropské dopravní sítě, což ohrožuje splnění cíle vyplývajícího z nařízení EU. Podle něj mají být tratě na hlavní transevropské síti zmodernizovány do roku 2030. Jedná se např. o tratě Brno - Přerov a Praha - Kladno s připojením na Letiště Václava Havla Praha. Jejich modernizace měla být zahájena do roku 2020. Ještě v lednu 2022, kdy končila kontrola NKÚ, se však projekty (s výjimkou rekonstrukce Negrelliho viaduktu) teprve připravovaly.

Modernizace tratě Brno - Přerov má být dokončena v roce 2031. Oproti původnímu plánu s šestiletým zpožděním. Dokončení tratě Praha - Kladno s připojením na Letiště Václava Havla Praha se posunulo o čtyři roky na rok 2029. Náklady na modernizaci dvou etap této tratě stanovila SŽ aktuálně na 42,7 mld. Kč, což je o 13,1 mld. Kč více* oproti původním předpokladům. Důvodem je mj. změna technického řešení ražených tunelů nebo vznik nových podchodů.

Také např. modernizace trati Otrokovice - Vizovice bude oproti předpokladům stát více. Z původně plánovaných 8 mld. Kč náklady poskočily na téměř 12 mld. Kč. Příčinou jsou zásadní změny v projektu. Jde například o změnu z částečného na kompletní zdvojkolejnění, zařazení tunelu či dvou rozsáhlých nadjezdů. Podobně i trať Kolín - Všetaty - Děčín čekají vyšší náklady, a to o 145 %. Z předpokládaných 26,3 mld. Kč vystoupají nakonec na 64,5 mld. Kč. Důvodem je změna koncepce projektu - úprava trakčního napájení, ztrojkolejnění jednoho úseku trati, navýšení přepravní kapacity aj.

S ohledem na 95% růst nákladů na realizace prioritních projektů existuje podle NKÚ riziko, že se nepodaří zajistit dostatek peněz na dokončení všech těchto projektů.

NKÚ podrobně prověřil 15 z celkem 156 projektů zaměřených na rekonstrukci, modernizaci, revitalizaci a zvýšení traťové rychlosti. Hodnota kontrolovaných projektů představovala téměř 105 mld. Kč. U sedmi kontrolovaných projektů došlo ke zpoždění územního nebo stavebního řízení, protože SŽ předložila neúplnou žádost a řízení muselo být přerušeno. Nejčastěji chyběly souhlasy majitelů pozemků dotčených stavbou. Například u projektu "Revitalizace trati Rokycany - Nezvěstice" trvalo územní řízení téměř čtyři roky.

Cíle jako zvýšení rychlosti na trati či zkrácení jízdních dob splnilo z 15 kontrolovaných zatím pět projektů. Dva projekty cíle dosud nesplnily a u zbývajících osmi nebylo možné plnění ověřit, protože nebyly ještě dokončeny.

Při řešení vad u projektů týkajících se trati Hradec Králové - Jaroměř - Trutnov a trati Nymburk - Mladá Boleslav nepostupovala SŽ v souladu s uzavřenou smlouvou, když neuplatnila sankce vůči zpracovateli chybné projektové dokumentace. U osmi projektů kontrola NKÚ identifikovala vzájemné vazby účastníků zadávacího řízení na zhotovitele projektové dokumentace a upozornila na riziko nedostatečného konkurenčního prostředí.