Řídicí orgán IROP nastavil už na počátku přísná vstupní kritéria pro podané projekty. Projekty neplnící pravidla a ty, které byly účelové bez aspektů sociálního podnikání, vyřazoval již při hodnocení. Realizované projekty jsou povinné udržovat dosažené výsledky (např. pracovní místa) minimálně po dobu udržitelnosti (5 let) a naplňování těchto principů je kontrolováno průběžně každý rok, s případnými nápravnými opatřeními vzhledem k příjemci dotace. Kdo neplní své závazky k sociálnímu podnikání, ke kterým se smluvně zavázal, je při kontrole krácen, případně mu bude celá dotace odebrána.

Hranice efektivnosti a účelnosti podpory na vytvořené místo pro znevýhodněného pracovníka bylo ohraničeno formou režimu de minimis, který nastavuje mantinely efektivnosti podpory při zaměstnávání sociálně znevýhodněných osob na trhu práce. Navíc se náklady na infrastrukturu sociálního podnikání značně liší, dle provozované činnosti, takže nastavení limitů by bylo v tomto smyslu neúčelné. Jiné náklady na vybavení a provozovnu má kavárna a jiné truhlárna s CNC stroji.

MMR se ohrazuje proti tvrzení NKÚ, že "Požadavky na plnění principů sociálního podnikání byly nastaveny nevhodně."Principy sociálního podnikání byly nastaveny v souladu s MPSV jako garantem této oblasti, a to na základě indikátorů nestátní neziskové organizace TESSEA. Principy sociálního podnikání jsou rozřazené na princip sociální, ekonomický, enviromentální a místní. Každý princip obsahuje jiné specifické požadavky pro jeho naplnění a žadatel musí splnit všechny tyto požadavky.

Nákup nemovitosti od osoby blízké považuje Řídicí orgán IROP od počátku za porušení zásad efektivnosti a hospodárnosti, jelikož nákup nemovitosti od osoby blízké není výdajem nezbytným pro naplnění účelu projektu. Na základě několika zjištění z kontrol tohoto porušení, ŘO IROP obratem zareagoval přijetím preventivního opatření a následně výslovně zapracoval podmínku "zákazu koupě nemovitostí od osob blízkých" do pravidel IROP.

Žadatelé musí vždy předložit žádost, projektovou dokumentaci a splnit podmínky formální i věcné způsobilosti ke kladnému vyhodnocení žádosti. V žádosti žadatel popíše plánované provozovaní podniku, a rovněž se zavazuje k plnění principů a cílů sociálního podnikání. Pokud toto učiní dle všech stanovených pravidel, není důvod jeho žádost vyřadit. Proto jestli podnik opravdu funguje a plní své cíle, tedy není účelový, lze zjistit ve většině případů až následně při jeho fungování po zahájení provozu a obdržení dotace. Na tyto případy je od počátku systém kontroly nastaven a funguje.

ŘO IROP průběžně kontroluje všechny projekty a jejich provozovaní, podle analýzy rizik a kapacit. Proto je možné, že NKÚ zjistí nedostatky projektu dříve, než ŘO IROP, pokud se kontrola projekt teprve plánuje. Proto nesouhlasíme s generalizací NKÚ, které provedlo kontrolu na vzorku 12 projektů, že došlo k selhání celého řídícího a kontrolního systému. Výsledky kontroly NKÚ jsou pro nás cenné a pracujeme s nimi nejenom v jednotlivých případech, které byly předmětem kontroly, ale zejména při nastavení systému a procesů implementace programů.