Cílem sociálních podniků je zaměstnávat a sociálně začleňovat osoby znevýhodněné na trhu práce, jako jsou např. dlouhodobě nezaměstnaní, osoby po výkonu trestu či se zdravotním postižením.

K nesrovnalostem docházelo i přesto, že ministerstva a CRR nastavily při výběru "husté síto". Zamítnuto bylo až 76 % žádostí nesplňujících stanovená kritéria. Z původních 1 676 žádostí nakonec subvenci dostalo jen 405 projektů. NKÚ zkontroloval rovněž 12 vybraných příjemců dotací. U nich kontroloři prověřili 16 projektů za bezmála 63 mil. Kč.

Zatímco řada podpořených sociálních podniků využila dotaci účelně a efektivně, plná polovina projektů z kontrolního vzorku byla naopak vyhodnocena jako omezeně účelná a efektivní či dokonce jako zcela neúčelná a neefektivní. Jednou z příčin byla ministerstvy nedostatečně nastavená pravidla. Například nebyly stanoveny hranice maximální výše podpory na jednoho účastníka projektu, resp. na jedno vytvořené pracovní místo. Podpora jedné osoby v projektu OPZ tak např. převýšila roční průměr 170 tis. Kč až šestinásobně, když přesáhla 1 mil. Kč za rok.

Požadavky na plnění principů sociálního podnikání byly nastaveny nevhodně, takže k jejich splnění stačilo mnohdy opravdu málo. Například aby podnik vyhověl podmínce podnikání zodpovědného k životnímu prostředí, stačilo mu doložit tři účtenky o nákupu ekologicky šetrných výrobků (např. čisticích prostředků). Tři účetní doklady za rok o odběru či dodávce zboží nebo služeb od firem ze stejného nebo sousedního kraje zase stačily k naplnění podmínky uspokojování potřeb místní komunity - jedno, že firmy byly vzdáleny i třeba sto kilometrů.

Při kontrole evropských peněz z IROP odhalil NKÚ významný systémový nedostatek. Spočíval v proplácení nezpůsobilých, a tedy neúčelných výdajů příjemcům dotace na nákup nemovitostí od osob blízkých. Kromě již zmíněného případu výplaty téměř 2,9 mil. Kč na pořízení nemovitosti od rodinného příslušníka, což představovalo 69 % z celkové dotace, odhalili kontroloři NKÚ další dva obdobné případy. Došlo tak k významnému selhání řídicí a kontrolní funkce jak ze strany CRR, které projekty doporučilo, tak i u MMR, jež tyto výdaje proplatilo.

Kontroloři NKÚ dále zjistili, že v řadě případů vznikaly nové sociální podniky s významnou personální vazbou na jejich předpokládané odběratele a dodavatele. Motivací ke vzniku nových sociálních podniků tak byly mnohdy spíše ekonomické výhody plynoucí příjemcům než samotná pomoc znevýhodněným skupinám osob. Někteří se tím ve svých žádostech o dotaci ani netajili. Přitom naprostá většina kontrolovaných podniků nedosahuje hospodářských cílů stanovených v podnikatelských plánech. Např. jejich tržby byly oproti plánům nižší až o 80 %, což je i rizikem pro dlouhodobé samostatné fungování těchto sociálních podniků.