V roce 2017 byla schválena Koncepce ochrany měkkých cílů 2017-2020. Jejím úkolem bylo vytvořit v ČR fungující systém, jehož prostřednictvím bude možné pružně a rychle reagovat na hrozby útoků. Až o dva roky později začala všechna tři zmíněná ministerstva poskytovat finanční podporu na tzv. neinvestiční programy. Jejich náplní byla zejména tvorba bezpečnostních analýz a dokumentace pro zvýšení ochrany měkkých cílů, organizování školení, seminářů a cvičení. Na to pak měly od roku 2021 navázat konkrétní investice. To vše mělo vést k vytvoření národního komplexního systému ochrany měkkých cílů. K tomu však dosud nedošlo.

Problém začal už na úrovni koncepce pro roky 2017 až 2020, kde MV nestanovilo měřitelné cíle, kterých chce dosáhnout. Do konce kontroly NKÚ Ministerstvo vnitra tuto koncepci nevyhodnotilo, a nezpracovalo ani plánovanou navazující koncepci pro roky 2021 až 2023.

Na výsledný stav mají vliv i nedostatky spojené s prováděním neinvestičních programů. Ministerstva na ně vynaložila v letech 2019 až 2021 celkem 194 milionů korun z plánovaných 347 milionů. MV však peníze rozdělovalo bez ohledu na předem zjištěné skutečné potřeby. Ministerstva kultury a zdravotnictví sice původně vytvořila plán na zvýšení ochrany vybraných prioritních měkkých cílů podle potřeb, když pro neinvestiční programy vybrala 46 nemocnic a 57 kulturních zařízení, ale později rozšířením počtu příjemců tento záměr opustila. Přesto nakonec zůstalo z připravených peněz celkem 153 milionů korun nevyužito.

Kontroloři se také zaměřili na způsob, jakým ministerstva dotace rozdělovala a jak vybírala konkrétní projekty. Ukázalo se například, že MK a MZd nenastavily v roce 2019 finanční limity a neposuzovaly přiměřenost cen, což vedlo mj. k výrazným cenovým rozdílům. MK např. poskytlo v roce 2019 dotaci ve výši 623 tisíc korun na analýzu rizik divadelního objektu nebo 1,2 milionu korun na analýzu rizik knihovny. V roce 2020 pak stanovilo maximální limit na zpracování podobných analýz ve výši 350 tisíc korun. A příjemci toto maximum vždy zvládli dodržet. Ani v rámci neinvestičních programů nestanovily resorty konkrétní a měřitelné cíle, kterých chtěly dosáhnout a které by následně vyhodnotily. Ministerstva tak např. neznají počet měkkých cílů, u nichž došlo ke zvýšení jejich ochrany.