Ministerstvo zdravotnictví vyplatilo FN Brno více než 50 milionů korun na financování nezpůsobilých výdajů souvisejících s navýšením cen stavebních prací. Tím porušilo závazné pravidlo, že takové výdaje si příjemce dotace hradí sám. V dalším případě však resort podle pravidel postupoval, takže 141 milionů nezpůsobilých výdajů si jiný příjemce musel platit z vlastních zdrojů. Tímto postupem MZd neoprávněně zvýhodnilo FN Brno.

Experti NKÚ upozorňují i na možné riziko neproplacení evropských peněz. Vzhledem k tomu, že MMR nenastavilo účinný kontrolní systém, má přezkum dvou finančně nejvýznamnějších projektů - FN Brno a FN Ostrava - proběhnout až po jejich ukončení. Pokud v průběhu práce na projektech vzniknou problémy, dotace EU v celkové výši 913 milionů korun nemusí být České republice proplaceny.

Podle kontrolorů bude obtížné posoudit i skutečný dopad dotací na deinstitucionalizaci psychiatrické péče u projektů podpořených MMR. Resort totiž nastavil jediný ukazatel, který sleduje pouze úzkou skupinu pacientů. Ta tvoří jen necelou pětinu všech pacientů, jichž se problém týká.

NKÚ zjistil, že mezi příjemci dotací byl malý zájem o podporu určenou na centra duševního zdraví. Ta přitom patří mezi důležité nástroje, které mají pomoci předcházet dlouhodobým hospitacím či je zkracovat a napomáhat tak opětovnému zapojení osob s duševním onemocněním do běžného života. Z celkem 24 projektů podpořených v letech 2016 až 2020 se jen pět týkalo center duševního zdraví. Nízký zájem souvisel podle kontrolorů s nedořešeným systémem financování zdravotní a sociální péče poskytované v těchto centrech.

Dotace na humanizaci psychiatrické péče mají být jedním z pilířů probíhající reformy péče o duševní zdraví. S její pomocí se má zvýšit kvalita a efektivita poskytované psychiatrické péče, stejně jako kvalita života lidí s duševním onemocněním. Konkrétním úkolem dotací na humanizaci psychiatrické péče je pak například zlepšení prostředí v psychiatrických nemocnicích, zřizování či rekonstrukce nemocnic poskytujících akutní lůžkovou psychiatrickou péči nebo podpora komunitní péče, kam spadá mimo jiné i budování center duševního zdraví.