Podle předpokladu bude rekonstrukce skladovacích prostor v tzv. zranitelných oblastech, které jsou nepříznivě ovlivněny dusičnany ze zemědělství, stát 334 milionů korun. Investiční náklady na vybudování nových skladů nutných k dodržení požadavků nitrátové směrnice činí 599 milionů korun.

Celkově dosáhne částka za rekonstrukci a výstavbu nových skladů 933 milionů korun, peníze půjdou z evropského i státního rozpočtu a také z vlastních zdrojů zemědělců. Pomohou zajistit dostatečné skladovací prostory, jako jsou například jímky na kejdu, hnojůvku a močůvku a zpevněná hnojiště. Investice do technologií skladování a využívání statkových hnojiv jsou důležité i pro ochranu ovzduší.

Odhad investičních nákladů vychází z terénního šetření z roku 2021 v zemědělských podnicích hospodařících v oblastech zranitelných dusičnany a přepočtu, který zohledňuje nárůst cen surovin, materiálů, energií i stavebních prací.

Materiál obsahuje také aktualizovaný odhad neinvestičních nákladů, které pro období 2022-2023 činí celkem 29,6 milionu korun. Peníze se využijí na kontrolou plnění akčního programu nitrátové směrnice, monitoring kvality povrchových i podzemních vod a revizi zranitelných oblastí.

Materiál Strategie financování implementace směrnice o ochraně vod před znečištěním způsobeném dusičnany ze zemědělských zdrojů (nitrátová směrnice) vypracovali odborníci Ministerstva zemědělství ve spolupráci s Ministerstvem životního prostředí.

K aktualizaci dokumentu dochází vždy po dvou letech na základě usnesení vlády ČR.