Kontroloři našli v IS ESF některá slabá místa, která se týkala přesnosti a komplexnosti dat, nedostatečného využívání informačního systému ke kontrolám nebo také úhrad určitých služeb. Celkově však NKÚ z pohledu peněz vynaložených na vývoj, rozvoj a provoz IS ESF zásadní chyby neodhalil.

V IS ESF například u 155 tisíců lidí z celkem 450 tisíců chyběla informace o tom, jestli působí ve veřejném či soukromém sektoru. Dále u téměř poloviny z více než 827 tisíců záznamů chyběla informace, zda jde o zaměstnance, nebo OSVČ. Příjemce podpory mohl také do systému zadávat údaje, které se vylučují. To zvyšovalo riziko vzniku chyb.

NKÚ také zjistil, že i když byla součástí IS ESF aplikace umožňující snadnou a rychlou tvorbu výstupních sestav (tedy skupin osob sdružených podle určitých kritérií), MPSV zaplatilo dodavateli zhruba 600 tisíc korun za tvorbu nových nebo úpravu už existujících sestav.

V průběhu kontroly zároveň probíhalo zadávací řízení na nového provozovatele IS ESF. Kontroloři ověřili, že se MPSV v zadávací dokumentaci podařilo vyhnout riziku vendor lock-in, tedy situaci, že by se resort stal závislým na konkrétním dodavateli.

Z více než 67 milionů korun vynaložených na IS ESF šlo na vývoj přes 19 milionů korun, na rozvoj přibližně 42 milionů korun a na provoz téměř 5,8 milionu korun. V systému evidovalo MPSV k září 2021 téměř 778 tisíc osob v celkem 18 268 projektech, podpořených ze tří operačních programů - OP Zaměstnanost, OP Výzkum, vývoj a vzdělání a OP Praha pól růstu.