MZV vykazovalo podíl na vkladu do nadačního fondu jako svůj dlouhodobý majetek. Nadační fond však v souladu se svým posláním generoval dlouhodobě ztráty z důvodu postupného poskytování prostředků zejména na konkrétní projekty. To mělo MZV promítnout do svého účetnictví a mělo účtovat o snížení hodnoty tohoto aktiva, a to již v předchozích účetních obdobích. MZV však o snížení hodnoty vkladu neúčtovalo, čímž nadhodnotilo výši dlouhodobého majetku o 724 milionů korun.

NKÚ proto vyhodnotil informace na některých účtech ve výkazu rozvaha a ve výkazu zisku a ztráty jako nespolehlivé. Ostatní informace v účetní závěrce však podle kontrolorů podávají věrný a poctivý obraz předmětu účetnictví.

Kontroloři také zjistili, že o pohledávkách a závazcích zastupitelských úřadů - například velvyslanectví, stálých zastoupení, generálních konzulátů a podobně - nebylo účtováno průběžně. MZV o nich účtovalo pouze jedenkrát na konci účetního období, případně vůbec. V účetní závěrce MZV tak nebyly vykázány závazky zastupitelských úřadů minimálně ve výši 4,7 milionu korun. Jde o systémový nedostatek ve vedení účetnictví MZV.

V závěrečném účtu ani ve výkazu pro hodnocení plnění státního rozpočtu nebyly u MZV zjištěny významné nedostatky.