Česká republika má podle Evropské unie disponovat zásobami ropy a ropných produktů nejméně na úrovni 90 dnů tzv. průměrného denního čistého dovozu. Od dubna 2017 do června 2021 byly ale zásoby pod touto hranicí. Za to mohou ČR hrozit sankce ze strany EU. Od poloviny roku 2021 zásoby ropy a ropných produktů vzrostly nad požadovanou hranici 90 dnů, což bylo dáno jen zpomalením ekonomiky, jejich množství se reálně nezměnilo. Pokud se zásoby nedoplní, klesnou po oživení ekonomiky opět pod požadovanou úroveň.

SSHR pořizuje hmotné rezervy na základě požadavků z krizových plánů ústředních orgánů státní správy. Tyto požadavky pak zpracovává do plánů, které předkládá ke schválení vládě ČR. Plány na roky 2019 až 2022 vláda neschválila. O dalších návrzích SSHR na doplnění zásob ropy a ropných produktů z období let 2017 až 2020 vláda buď nerozhodla, nebo je Ministerstvo průmyslu a obchodu vládě nepředložilo.

V letech 2010 až 2017 SSHR skladovala motorovou naftu u soukromé firmy v Německu, která se dostala v roce 2014 do insolvence. Insolvenční správce zpochybnil vlastnické právo ČR k uskladněným zásobám. Přestože se naftu podařilo přemístit zpět do ČR, přetrvávaly v této věci v době kontroly soudní spory. Za přesun zásob zpět do ČR a celkové řešení tohoto problému SSHR dosud zaplatila už 124 milionů korun. Tyto výdaje budou dále narůstat.

Kontroloři se dále zaměřili na rezervy základních potravin. Zásoby pěti z devíti druhů základních potravin byly pod limitem stanoveným Ministerstvem zemědělství. SSHR zdůvodnila neplnění limitů u některých potravin především nezájmem trhu. NKÚ zjistil, že v letech 2016-2020 SSHR vyhlásila celkem 78 veřejných zakázek na pořízení a ochraňování potravin, z toho však přibližně 60 % zrušila, protože nebyly podány žádné nabídky. Kromě toho SSHR v roce 2020 připravila novelu zákona, která by umožnila pořizovat hmotné rezervy nejen výlučně do majetku státu, ale také formou rezervace u vlastníka. To by mohlo zvýšit zájem dodavatelů. Vláda ČR ale novelu do ukončení kontroly neprojednala.

NKÚ také prověřil, jak SSHR pořizovala osobní ochranné a zdravotnické prostředky v souvislosti s pandemií covidu-19. Správa nakupovala tyto prostředky za nižší než limitní ceny navržené vládou. Například respirátor FFP3 pořizovala v rozmezí 69 až 142 korun. Vládní limit byl přitom 144 korun. Ochranný oblek nakupovala v rozmezí 172 až 179 korun, limit byl 250 korun. Ochranné rukavice pak pořizovala za 2,9 koruny, téměř o polovinu levněji, než stanovoval limit.