Změny se týkají také výjimek pro občany mimounijních zemí, pokud je ve výjimečných situacích jejich vstup a fyzická přítomnost na území České republiky zcela nezbytná a zároveň je vstup doložen odpovídajícím dokumentem vydaným vedoucím ústředního orgánu státní správy. Nově nenaplňuje podmínku řádného zdůvodnění pouhé obecné uvedení potřeby fyzické přítomnosti. Dokument také nelze vydat pro doprovázející rodinné příslušníky žádajícího cizince. Naopak výjimku naplňuje, pokud je vstup v zahraničně politickém zájmu České republiky, o kterém rozhoduje ministr zahraničních věcí.

Další výjimka pro občany mimounijních zemí platí pro nezletilé dítě, které cestuje se svým zákonným zástupcem nebo doprovází jinou osobu, která je držitelem národního certifikátu o provedeném očkování nebo prodělala onemocnění covid-19, a platnost certifikátu je delší než zamýšlená délka pobytu. Toto ustanovení však nelze využít pro školní zájezdy a podobné skupinové příjezdy.

Upřesněna byla pravidla akceptace certifikátů o očkování ze třetích zemí. Kromě dálkově ověřitelných certifikátů nově Česká republika akceptuje také certifikáty z těch zemí, ve kterých probíhá očkování vakcínou schválenou EMA, míra proočkovanosti je zde vyšší než v České republice, země poskytuje věrohodné a ověřitelné údaje k pandemii a spolupracuje v rámci mezinárodních organizací v boji s pandemií.