Na základě vlastní analýzy z roku 2015 GFŘ rozhodlo, že pro efektivní fungování stačí nižší počet územních pracovišť, a navrhlo jejich část, konkrétně 23 z tehdejších 103 podřízených územních pracovišť, zrušit. Ministr financí následně rozhodl, že se tato pracoviště rušit nebudou. GFŘ proto navrhlo řešení v podobě optimalizovaného režimu "2+2", kdy činnost 23 územních pracovišť zajišťují ve dvou pracovních dnech alespoň dva pracovníci. V roce 2019 GFŘ pokračovalo ve změně režimu u dalších vybraných 33 územních pracovišť, a to s cílem ušetřit v prvním roce na výdajích spojených s provozem budov 14,2 milionu korun. Ušetřit se ale podařilo jen 6,8 milionu korun, tedy méně než polovinu.

NKÚ doporučuje GFŘ kvůli možným úsporám znovu se zabývat otázkou optimalizace počtu územních pracovišť, a to i s ohledem na rostoucí počet elektronických podání.

GFŘ je povinno, stejně jako další státní instituce, pronajímat nepotřebný majetek minimálně za nájemné, které je v daném místě a čase obvyklé. NKÚ na vzorku 22 kontrolovaných smluv na pronájem zjistil, že ve 20 případech GFŘ nestanovovalo nájemné způsobem, který by jeho odpovídající výši zaručoval. GFŘ při určování výše nájemného nezohledňovalo velikost, lokalitu ani účel využití majetku a obvyklou cenu nestanovovalo porovnáním s obdobným majetkem. V praxi porovnávalo například Prahu 1 s pražskými městskými částmi Chodov, Žižkov a Radlice, centrum Mělníka s okrajovou částí Kralup nad Vltavou a podobně.

Dále se ukázalo, že právní předchůdci GFŘ uzavřeli smlouvy o nájmu s omezenou možností výpovědi. GFŘ tak nemá možnost ukončit tyto smluvní vztahy výpovědí z vlastní vůle, například při možnosti sjednání levnějšího nájmu nebo nabídce přestěhování do budovy v majetku státu.