Dopady peněz poskytnutých České republice z evropských strukturálních a investičních fondů na plnění strategie "Evropa 2020" ÚV ČR téměř nevyhodnocoval - řádné hodnocení provedl jen v 9 % případů. ÚV ČR přibližně za dva miliony korun vytvořil pouze studii o příspěvku fondů k hospodářskému růstu, nikoliv ale k jejich vlivu na plnění cílů strategie. NKÚ předal ÚV ČR analýzu, která se zabývá možnostmi, jak takové vyhodnocení provést, a doporučuje ji k možnému využití. Příklady dobrého vyhodnocení lze také najít v zahraničí - například v Polsku nebo Itálii, jak zjistil NKÚ.

Dobře provedené hodnocení dopadů peněz evropských fondů na plnění vytyčených cílů přitom poskytuje důležité informace a zpětnou vazbu pro správné nastavení i vyhodnocování cílů pro následující programové období a ovlivňuje i využití peněz z evropských fondů. V programovém období 2014-2020 měla v rámci těchto fondů ČR k dispozici 624 miliard korun, pro období 2021 až 2027 se pak má jednat o 610 miliard korun.

Kontroloři se zaměřili i na to, jak si ČR nastavila národní cíle, které měly vést k naplnění strategie "Evropa 2020". Česká republika si konkrétní úroveň některých cílů nastavila na nízké hodnoty. U čtyř z celkových 13 cílů byla překročena cílová hodnota o více než 20 %, což ukazuje spíše na nízko nastavené cíle než na úspěch při dosahování hodnot, které nastínila Evropská unie. Na nízko vytyčené cíle ukazuje i fakt, že pět cílů se podařilo splnit už v roce 2014, tedy v prvním roce sedmiletého programového období.

Naopak tři cíle se splnit nepodařilo, z části i kvůli nedostatečným kompetencím ÚV ČR spojených s možností účinně koordinovat ministerstva. Konkrétně se jednalo o nedosažení cíle zvýšit podíl obnovitelných zdrojů v dopravě na 10 % - ČR dosáhla 7,8 %. Dále nebyl splněn cíl dosáhnout úrovně veřejných výdajů na vědu, výzkum a inovace ve výši 1 % HDP, ČR byla na hodnotě 0,79 % HDP, a splněn nebyl ani cíl snížit počet osob předčasně odcházejících ze vzdělávání na 5,5 % - hodnota za ČR dosahovala 7,6 %.

Strategie "Evropa 2020" reagovala na globální hospodářskou krizi z roku 2010 a její podstatou bylo podpořit inteligentní hospodářský růst, který měl zohledňovat udržitelnost i sociální začleňování. Mezi cíle strategie patřilo například to, aby do konce roku 2020 byla alespoň 3 % HDP Evropské unie investována do výzkumu a vývoje, o 20 % klesly emise a o stejnou hodnotu se naopak zvýšil podíl obnovitelných zdrojů. V neposlední řadě se měl alespoň o 20 milionů snížit počet obyvatel ohrožených chudobou a podobně.