GAČR poskytuje dotace na projekty v oblasti základního výzkumu. Většina z nesprávností za více než 5,9 miliardy korun vznikla tím, že agentura neúčtovala o dlouhodobých podmíněných závazcích z nově uzavřených smluv k projektům, které měly začít v roce 2020. Po upozornění ze strany NKÚ Grantová agentura ČR tyto nesprávnosti napravila již v průběhu kontroly, a to ještě před uzavřením účetních knih za rok 2020.

V účetní závěrce však zůstaly neopravené další významné nesprávnosti za téměř 114 milionů korun. GAČR zúčtovala zálohy poskytnuté příjemcům dotací, aniž by k tomu měla průkazný doklad o jejich skutečné spotřebě. Tyto prostředky měla GAČR vykazovat jako zálohu až do doby, než jí příjemci předloží vyúčtování. S touto skutečností souvisela i další významná nesprávnost v účetní závěrce. Ta se týkala odhadované výše nákladů na transfery, tedy předpokládané spotřeby dotací. GAČR pro rok 2020 odhadla náklady na transfery ve výši 100 % poskytnuté dotace. Kontroloři však zjistili, že takový odhad nákladů je neadekvátní, neboť ke 100% spotřebě dotací v daném roce nedochází.

NKÚ proto vyhodnotil informace na některých účtech v rozvaze a ve výkazu zisku a ztráty jako nespolehlivé. Ostatní informace v účetní závěrce však podle kontrolorů podávají věrný a poctivý obraz předmětu účetnictví.

Nedostatky, které zjistili kontroloři v závěrečném účtu a ve výkazu o hodnocení plnění státního rozpočtu za rok 2020, nebyly významné.

Ve vnitřním kontrolním systému GAČR byly zjištěny nedostatky v zajištění schvalovacích postupů. U všech 75 kontrolovaných operací chyběl podpis hlavní účetní na schvalovacím formuláři k vyplacení dotace. U 27 z těchto operací GAČR vyplatila dotaci ještě před záznamem o provedení kontroly po vzniku závazku příkazcem operace.

Kontroloři také upozornili na to, že GAČR neoprávněně vyplatila dotaci 10,6 milionu korun, aniž by smlouvu o poskytnutí dotace v zákonném termínu zveřejnila v registru smluv, ze zákona tak byla příslušná smlouva zrušena od počátku.