MV nastavilo v koncepčních dokumentech k migrační politice většinou cíle, které jsou jen obecné. Neurčilo ani ukazatele a jejich očekávané hodnoty, podle kterých by šlo ověřit, co se podařilo zlepšit a zda program plní své cíle. Některé oblasti tak nebude mít ministerstvo jak vyhodnotit. Například u integrace cizinců si nastavilo nekonkrétní cíle jako "podpořit nekonfliktní soužití s cizinci" nebo "zajistit bezpečnost všech obyvatel ČR". U vnější migrace směřující do EU má například cíl "boj proti nelegální migraci".

Peníze na projekty získaly jak státní instituce, tak i neziskové organizace. U kontrolovaných projektů MV nepožadovalo, aby příjemci hodnotili jejich výsledky a přínosy. Příjemci dotací tak většinou sledovali jen výstupy, například počet osob, kterým byla poskytnuta pomoc. Nezajímali se ale o to, zda a jak přispěly služby poskytnuté v rámci projektu například k integraci cizinců do společnosti. Ukázkou dobré praxe je naopak postup neziskové organizace, která zpětně ověřovala přínos svých služeb pro klienty, i když to po ní MV nepožadovalo.

U několika kontrolovaných projektů zaměřených na vnitřní bezpečnost zjistili kontroloři výrazné nedostatky. Například u společného komunikačního centra pro policii a celní správu za 120 milionů korun se bez jasného odůvodnění opakovaně měnily náklady na jednotlivé položky. Příjemce navíc zpracoval projektovou dokumentaci, návrh interiéru či technickou specifikaci hardwaru a softwaru až po schválení projektu. To ukazuje na nedostatečnou přípravu projektu a riziko nehospodárného vynakládání peněz státu. Podobný problém odhalili kontroloři i v případě rekonstrukce objektu v Havířově, který slouží pro ubytování žadatelů o mezinárodní ochranu. Tady příjemce - Správa uprchlických zařízení - podcenil přípravu projektu. Cena rekonstrukce tak dosáhla v době kontroly 57 milionů korun, což představuje více než dvojnásobek původního rozpočtu.

MV také nesledovalo u podpořených aktivit k integraci cizinců průměrnou výši nákladů na jednoho klienta. Například výuka českého jazyka vyšla na 2 600 i na 6 700 korun. I když jsou nároky jednotlivých klientů různé, mělo by mít MV přehled o průměrných nákladech a být schopno porovnat projekty mezi sebou. Navíc příjemci nemuseli sledovat skutečné náklady na jednotlivé aktivity v rámci projektů. MV od nich chtělo jen plánované náklady, které uváděli v žádosti o dotaci. Ministerstvo tak nemá podle čeho hodnotit efektivnost podpořených projektů. Tento nedostatek se týkal 14 z 20 kontrolovaných projektů.

Nedostatky zjistili kontroloři také u Státního integračního programu, který pro MV zajišťuje Správa uprchlických zařízení. I tady byly cíle jen obecné bez měřitelných ukazatelů. MV ani Správa také neřešily, jak projekty pomohly k úspěšné integraci klientů. Správa vždy dodržela finanční limity tzv. integračních plánů a až na jednu výjimku hradila nákupy věcí v souladu s přehledem vydaným MV. Bez ověření potřeb klientů na místě ale nemůže vědět, zda platí jen skutečně nutné vybavení domácností.

U programu na pomoc uprchlíkům v regionech jejich původu kontrola poukázala na problém s nejasnými pravidly pro nakládání s penězi. Ve smlouvách s danými zeměmi totiž MV neurčuje parametry projektu, například to, co přesně se má za poskytované peníze pořídit. Lišily se typy smluv a jednotné nebyly ani podmínky pro použití peněz, které by MV umožňovaly lépe ovlivnit úspěšný průběh projektů. Navíc MV předkládalo vládě neúplné informace o projektech, které ještě nebyly dokončeny. Chyběly konkrétní údaje o těchto projektech a také informace o problémech s jejich dokončením. MV od roku 2015 neprovedlo žádné vyhodnocení dopadů těchto projektů.