SZIF hlavnímu dodavateli celkově zaplatil v letech 2016 až 2019 za aplikační podporu provozu a rozvoj IS SZIF téměř 2,1 miliardy korun, tedy přibližně půl miliardy korun ročně. Jde o částku, která násobně převyšuje výdaje na ostatní kontrolované informační systémy provozované Ministerstvem zemědělství. V případě IS SZIF byly tyto výdaje zhruba desetkrát vyšší, než jaké byly u LPIS, kde se roční náklady pohybovaly kolem 50 milionů korun, a pětkrát vyšší než v případě IZR. U tohoto systému se jednalo přibližně o 100 milionů korun ročně.

Na výrazných nákladech IS SZIF se podílely vysoké jednotkové ceny práce externích IT specialistů. SZIF platil za jeden den práce "specialisty SAP" 27 733 korun. To je nejméně dvakrát více, než kolik za stejného specialistu platilo Ministerstvo zemědělství. Práce takového specialisty ministerstvo stála od 9 668 do 13 915 korun. Takto vysoké jednotkové ceny za práci na IS SZIF jsou konkrétním negativním projevem závislosti na jednom dodavateli.

Rozdíly mezi Ministerstvem zemědělství a SZIF se však netýkaly jen konkrétních informačních systémů. MZe například sledovalo, jak jsou využívány jeho licence k softwaru SAP, a podle toho postupně optimalizovalo jejich využití. SZIF v letech 2016 až 2019 zaplatil za tyto licence téměř 417 milionů korun, ale jejich využití nikterak nesledoval ani nevyhodnocoval. Podobné to je i v koncepčních a strategických otázkách. NKÚ na základě strategií a koncepcí vyhodnotil, že v době kontroly existovalo jen mírné riziko nekoncepčního vývoje ICT u MZe - tedy menší riziko nehospodárně vynaložených peněz a dalších problémů. U SZIF naopak chybí některé základní plány a dokumenty pro provoz a rozvoj IT, což může vést k dalším problémům či zbytečným výdajům na ICT.

Kontroloři také prověřili vzorek veřejných zakázek u MZe v hodnotě 1,3 miliardy korun. U dvou zakázek Ministerstvo zemědělství porušilo zákaz diskriminace ostatních dodavatelů, když preferovalo dosavadního dodavatele. V dalším případě neoprávněně rozdělilo předmět zakázky pod finanční limity stanovené zákonem a bez zadávacího řízení uzavřelo tři smlouvy s dodavatelem za více než 6,5 milionu korun. Tím podle NKÚ porušilo rozpočtovou kázeň.

Ministerstvo zemědělství spravuje 16 informačních systémů veřejné správy. V letech 2016 až 2019 vynaložilo v průměru celkově za ICT ročně 453 milionů korun. SZIF spravuje jeden informační systém. Roční průměrné celkové výdaje SZIF na ICT za stejné roky byly v průměru 750 milionů korun.