Policejní akademie a Univerzita obrany jsou jediné státní vysoké školy v ČR. Policejní akademie je organizační složkou státu, kterou financuje ze svého rozpočtu MV. Univerzita obrany je součástí MO a finance na ni jsou součástí rozpočtu tohoto resortu. Obě školy mají vzdělávat především odborníky pro bezpečnostní sbory a armádu.

V letech 2016 až 2019 pracovalo u policie třikrát více vysokoškolsky vzdělaných policistů, než je podle systemizace potřeba. Výsledkem je podle MV vysoká fluktuace a dřívější odchody ze služebního poměru. Ministerstvo ale tuto situaci nezohlednilo a nastavilo počty studentů přijímaných na Policejní akademii tak, že neodpovídaly skutečným potřebám policie.

Zároveň téměř 43 % policistů, kteří studovali během výkonu služby, zvolilo jinou vysokou školu. MV totiž nevyžadovalo specializovaný studijní obor právě z této akademie. Navíc resort včetně policie nepovažovaly Policejní akademii za profesní akademii policistů. V daných letech se tak u policie uplatnilo na vedoucích pozicích jen 21 % absolventů akademie. Přitom náklady na její provoz rostly.

Podobné problémy zjistili kontroloři i v případě Univerzity obrany. Počet jejích absolventů vojáků v letech 2016 až 2019 klesal a požadavky MO na počet přijímaných studentů se dařilo plnit pouze z 64 %. Počet neobsazených míst pro vysokoškoláky v armádě ale vzrostl za toto období o 15 %. Na rozdíl od Policejní akademie byla ale Univerzita obrany pro armádu hlavním zdrojem vysokoškolsky vzdělaných důstojníků. Také na její činnost vydávalo ministerstvo v daných letech stále více peněz. Náklady vzrostly o 188 milionů korun.

Přestože se vynakládané prostředky zvyšovaly, nezabýval se ani jeden z resortů tím, jak efektivně státní vysoké školy fungují. Nesledovaly například náklady na jednoho studenta nebo využívání nemovitostí, se kterými školy hospodaří. Rozpočet škol resorty určovaly podle toho, jak tyto školy čerpaly prostředky v předchozích letech.