Peníze na podporu společného vzdělávání se rozdělují ze tří operačních programů, jsou to Výzkum, vývoj a vzdělávání (OP VVV), Praha - pól růstu a Integrovaný regionální operační program. NKÚ prověřil konkrétní projekty, které získaly z těchto programů více než 9 miliard korun. Příjemci dotací byli jak ze státní správy, neziskových organizací, tak i regionální a vysoké školy nebo regiony se sociálně vyloučenými lokalitami.

Systémové změny vzdělávacího systému začaly už v roce 2009, klíčová pro inkluzi byla však změna legislativy, kterou spustilo MŠMT v roce 2016. Nezvládlo ale včas připravit pedagogy v běžných školách na práci s žáky s různými speciálními potřebami. Samotné projekty na vzdělávání pedagogů a metodickou podporu tak běží fakticky až od roku 2018.

Problémem je i to, že na odborníky jako školní psychology nebo speciální pedagogy získají školy podporu jen po dobu trvání dotovaných projektů. Inkluze je tak do velké míry závislá na penězích z evropských fondů. MŠMT totiž dosud nedokázalo zajistit další zdroj prostředků na tyto služby. Za posledních 10 let se přitom zvýšil počet žáků se speciálními potřebami o více než polovinu, a pokud bude tento trend pokračovat, porostou i finanční nároky na to, aby měli všichni žáci zajištěn rovný přístup ke vzdělávání.

Podle kontrolorů je problémem i to, že MŠMT má u inkluze ve strategických dokumentech nastavené cíle jen velmi obecně a to se projevuje i u samotných projektů. Některé projekty tak mají za cíl například "podpořit společné vzdělávání".

Inkluze by měla pomoci i sociálně znevýhodněným žákům. Na podporu těchto žáků MŠMT vyčlenilo z OP VVV téměř 1,7 miliardy korun. Vyčerpala se jen polovina. Důvodem je zejména nezájem obcí se sociálně vyloučenými lokalitami.

U některých projektů pak není jasné, jak pomohou cílové skupině žáků. Například u projektu zaměřeného na inkluzi v sociálně vyloučených lokalitách, který získal podporu téměř 229 milionů korun. Vede jej Agentura pro sociální začleňování. Dopad na cílové skupiny dětí, žáků a rodičů se vůbec nesleduje. Navíc jsou obyvatelé vyloučených lokalit zapojeni do projektu jen minimálně a podobné je to i se zapojením škol. V konečném důsledku tak agentura z dotace financuje svou vlastní činnost.

O dopady legislativní změny v souvislosti s inkluzí na běžné základní školy se NKÚ zajímal prostřednictvím dotazníku. Oslovil 3 842 těchto škol a do průzkumu se zapojilo 47 % z nich. Žádné žáky se speciálními potřebami neměla jen 3 % dotázaných škol.

Z šetření vyplynulo, že překážkami pro úspěšnou inkluzi jsou podle dotazovaných škol nadbytečná administrativa, vysoké počty žáků v třídách a nedostatečné vybavení tříd a škol. Školy také nemají dostatek kvalifikovaných asistentů pedagogů. Speciální pedagogiku absolvovala jen 3 % z nich a celkově je vysokoškolsky vzdělaných asistentů na dotazovaných školách jen necelých 16 %. Výrazně se pak liší vzdělanost asistentů v jednotlivých krajích. Většina dotazovaných škol také není spokojena s tím, že je financování odborných pracovníků ve školách hrazeno jen z evropských fondů. Tato závislost může znamenat do budoucna problém.