GŘC neuveřejnilo v registru 19 smluv za více než 260 milionů korun v termínu a formátu, který požaduje zákon. Několik smluv například uveřejnilo i více než rok po jejich uzavření. Ze zákona je přitom mělo uveřejnit do 30 dnů.

Další smlouvy pak GŘC vložilo do registru ve formátu, který neodpovídá zákonu. Ten vyžaduje, aby byl formát strojově čitelný. Smlouvy za 170 milionů korun byly kvůli této chybě od počátku zrušeny. Část jejich plnění ale GŘC zaplatilo. NKÚ proto podal finančnímu úřadu oznámení o podezření na porušení rozpočtové kázně celkem za 125 milionů korun. "Tento problém se objevuje i u jiných institucí a NKÚ pak nemá jinou možnost než podat oznámení správci daně. K napravení této situace by přitom pomohlo, kdyby informační systém, do kterého se smlouvy odesílají, nedovolil vložit je v jiném formátu, než požaduje zákon," naznačil možné řešení prezident NKÚ Miloslav Kala.

Chyby zjistili kontroloři i u programu, ze kterého GŘC financuje zajištění techniky, obnovu budov nebo movitého majetku. U dvou akcí, které z tohoto programu financovalo, změnilo GŘC některé parametry tak, že u nich v budoucnu může dojít k neúčelným a nehospodárným výdajům státních prostředků. Například u vývoje informačního systému pro efektivnější zpracování daní a poplatků změnilo GŘC konkrétní parametr na obecný popis, který hovoří o "souladu aplikace s danou legislativou". Z takového ukazatele však nejde určit, jestli projekt přináší to, co od něj GŘC čekalo.

Podle kontrolorů je GŘC při budování svého datového skladu závislé na službách jednoho dodavatele. A to jednak kvůli výhradním právům stávajícího dodavatele a také kvůli technickým důvodům. Za hodinu práce dodavatele platí GŘC podle smlouvy vždy stejnou sazbu bez ohledu na to, jestli ji vykonal manažer, nebo řadový zaměstnanec. Sazby jejich práce se přitom výrazně liší. GŘC také při vyúčtování prací nepožadovalo rozpis odpracovaných hodin podle toho, o jakou práci konkrétně šlo.

Při inventarizaci dlouhodobého majetku pak GŘC nepostupovalo podle zákona. Například dokladovou inventurou nezjistilo, že v účetnictví vede osobní vozidla za více než 1,5 milionu korun jako neuvedená do provozu, i když se používala už od roku 2014. Jako dopravní prostředek evidovalo GŘC také rekonstrukci vstupní haly za více než jeden milion korun.