Vindobona vyjela na trať Berlín - Praha - Vídeň v roce 1957 jako nástupce dřívějších spojů mezi těmito metropolemi. Od počátku na ní byly nasazeny rychlé a na svou dobu a socialistickou úroveň služeb komfortní motorové jednotky. Nabízely pohodlné a na svou dobu rychlé spojení. Po celou dobu provozu trvala cesta z Berlína do Vídně okolo 12 hodin, přitom Praha ležela přibližně uprostřed cesty. Do obou cílových stanic to bylo přibližně 6 hodin cesty. To bylo podstatně méně než u ostatních mezistátních expresů. Ty jezdily například jen mezi Prahou a Berlínem ještě o hodinu až hodinu a půl déle. Dnes tuto cestu zvládají spoje Berliner přibližně za 4 hodiny.

Delfín byl symbol Vindobony
Zpočátku se v provozu střídaly po dvou letech východoněmecké železnice DR, naše ČSD a rakouské ÖBB s různými typy motorových jednotek. DR zpočátku nasadila ikonické motorové vozy ze 30. let 20. století známé z tzv. "Létajících vlaků". ČSD nasadily nové motorové jednotky z produkce maďarské firmy GANZ a nakonec také motorové vozy řady M 296.1, které po kompletní modernizaci jezdí stále na některých spojích ČD a část veřejnosti jim stále přezdívá Vindobona. Rakouské dráhy jezdily na Vindoboně vlaky Blauer Blitz - Modrý blesk. Ten předtím jezdil například z Vídně do Benátek. Se jménem Vindobona jsou však spojeny především legendární východoněmecké jednotky řady SVT 175 u nás přezdívané Delfín, které zajišťovaly provoz od roku 1972 až do ukončení provozu motorových souprav v roce 1979.

Delfíni byli parádní vlaky DR pro prestižní mezistátní vlaky. Jezdily také do Kodaně nebo Malmö. Jejich rychlost byla až 160 km/h, i když v běžném provozu na socialistických železnicích nepřekročila sto dvacítku. Výkon dvojice motorů byla 2 000 koní a 4 až 6 vozů, v jednotce bylo možné měnit dle sezóny a poptávky počet vozů, nabízely přibližně 160 až 300 míst včetně jídelního vozu. Vindobona byla v té době povinně místenková a v příhraničních oblastech byla vnitrostátní přeprava omezena. Vlak poskytoval velký komfort. Netradiční bylo například řešení 2. třídy v motorových vozech ve velkoprostorovém oddíle se sedačkami v leteckém uspořádání za sebou s možností otáčení podle směru jízdy. Neobvyklý tvar motorové jednotky s výrazným "nosem", který ji odlišil od všech ostatních vlaků, a jízda za tajemnou neprostupnou západní hranici vytvořil z Vindobony jednu z největších železničních legend nejen u nás, ale v celé střední Evropě.

Od Delfína k railjetu
Od roku 1979 byly motorové jednotky na expresu Vindobona nahrazeny klasickými železničními vozy a po roce 1989 byla zařazena do komfortní sítě EuroCity. Změnila se i trasa, když mezi Prahou a Vídní začala jezdit místo přes jihočeský Tábor a rakouský Gmünd přes Brno a Břeclav. V některých letech se měnily i cílové stanice, když Vindobona jezdila na severu až do Hamburku a na jihu do Villachu u italských hranic.

V současnosti jezdí pod jménem Vindobona osm párů rychlovlaků railjet mezi Prahou a Vídní. Většina spojů pokračuje dál do Štýrského Hradce. Vlaky jezdí každé 2 hodiny a cestu mezi Prahou a Vídní zvládnou za 3 hodiny a 59 minut, přibližně o 2 hodiny rychleji než legendární motorové expresy. Také komfort cestování se podstatně změnil. Na rozdíl od Delfínů nabízí railjety klimatizované vozy nebo vyhrazená místa pro cestující s dětmi a dětské kino. Vlaky nabízejí také současné moderní služby, jako jsou zásuvky 230 V a USB konektory pro napájení přenosné elektroniky nebo Wi-Fi připojení k internetu.