Nevládní organizace hned po svém vítězství u krajského soudu navrhly, aby MŽP v novém rozhodnutí nevracelo případ na krajský úřad, ale rovnou o žádosti o výjimku rozhodlo a ukončilo nejistotu. Nemusí ji přitom úplně zamítnout, ale může (v souladu s rozsudkem soudu), udělit kratší výjimku do srpna tohoto roku. Díky kratší výjimce by se odstranila současná nejistota ohledně legálního fungování elektrárny a navíc by provozovatel mohl bez problémů nainstalovat technologie pro dosažení zákonných emisních limitů před další topnou sezónou.

Z materiálů, které provozovatel poskytl úřadům a soudům, vyplývá, že pro nainstalování potřebných filtrů by měl v takovém případě dostatek financí i času. Sám provozovatel odhadoval za rok 2022 zisk 3,9 miliardy korun. Maximální částka pro případ instalace nových filtrů, které by snížily emise vypouštěných škodlivin hluboko pod emisní limity, je 1,5 miliardy korun. Provozovatel však také může jít cestou vyladění stávajících filtračních technologií a instalace technologie dávkování aktivního uhlí, a náklady na dosažení emisních limitů se tak mohou dostat na 95 milionů korun, tedy zhruba na 2,5 % loňského zisku elektrárny. Takové úpravy lze navíc provést v řádu několika týdnů.

Stále nedořešenou situaci kolem elektrárny Chvaletice způsobil samotný provozovatel elektrárny, který místo aby nové limity - schválené již před pěti lety - splnil (což udělalo 92 ze 110 velkých spalovacích zařízení v ČR) nebo z nich získal výjimky v mezích zákona, neustále trvá na dlouhé a příliš velké výjimce, jakou zákon neumožňuje. Díl viny však nesou i úřady - Krajský úřad Pardubického kraje (který ji udělil poprvé), Krajský úřad Olomouckého kraje (který výjimku udělil znovu) a Ministerstvo životního prostředí, které ji za ministra Richarda Brabce potvrdilo.

Ekologické organizace Hnutí DUHA a Greenpeace, místní spolky Zelená pro Pardubicko a Zastavme elektrárnu Chvaletice a expertní skupina Frank Bold upozorňují na nezákonnost rozhodnutí o výjimkách pro Elektrárnu Chvaletice od roku 2019. Uhelné elektrárny Chvaletice a Počerady (stejného provozovatele) získaly výjimky z emisních limitů pro rtuť, které jsou v absolutních emisích nesrovnatelně větší než výjimky pro jakékoliv další zdroje, a to z důvodu velkého zvýšení limitu a i velké délce výjimky. Udělená výjimka pro Počerady by znamenala, že elektrárna vypustí o 1 250 kg rtuti více než v případě splnění BAT, což z ní činí největší výjimku ze všech zdrojů. Elektrárna Chvaletice dostala výjimku na přinejmenším 1 234 kg rtuti nad rámec zákonného emisního limitu, což je druhá největší výjimka a skoro dvojnásobná oproti třetí největší pro Ledvice 6.