Zákon o investičních pobídkách byl přijat v roce 2000, stát však investiční pobídky poskytoval na základě usnesení vlády už od roku 1998. V roce 2008 MPO navrhlo vládě, aby se investiční pobídky poskytované podle zákona zrušily. Analýza VŠE totiž ukázala, že pobídky zvyšovaly rozdíly mezi nejrozvinutějšími a nejzaostalejšími regiony, deformovaly trh a většina jich směřovala do odvětví s nízkou přidanou hodnotou. Vláda však nakonec pobídky nezrušila.

Od roku 2012 mohou pobídky získat i technologická centra a centra strategických služeb. Do září 2020 získalo pobídky jen 20 takových center. Největší zájem měly stále podniky ve zpracovatelském průmyslu, a to na investice bez povinnosti vytvářet vyšší přidanou hodnotu. Do tohoto odvětví plynulo 96 % pobídek přislíbených MPO od roku 2012 do září 2020. Podmínka, že projekt musí mít vyšší přidanou hodnotu, například zaměstnat osoby s vyšší kvalifikací, provádět výzkum nebo spolupracovat s výzkumnou institucí, byla do zákona doplněna až v září 2019. Zájem o pobídky pak výrazně klesl.

Investiční pobídky měly mimo jiné přispět ke snížení nezaměstnanosti. Ta mezi lety 2015 až 2019 postupně klesala. Počet pobídek se přesto nesnižoval, až do konce roku 2018 naopak rostl. Do září 2019 zákon neumožňoval, aby MPO při poskytování pobídek reagovalo na nízkou nezaměstnanost. Žadatel získal pobídku, když splnil zákonné podmínky. Od září 2019 navíc vláda schvaluje všechny investiční pobídky, nejen ty strategické.

Hodnocení poskytnutých pobídek zpracovává pro MPO externí společnost, jak vyžaduje Evropská komise. Podle kontrolorů ale hodnocení nevypovídají o tom, jak pobídky přispěly k naplňování cílů, pokud jde o zaměstnanost nebo hospodářský rozvoj ČR. V hodnoceních není například uveden skutečný počet nově vzniklých pracovních míst nebo kolik podpořené společnosti opravdu investovaly. Příjemci navíc mohou splnit jen minimální hodnoty dané zákonem. Nemusí tak splnit ani očekávaný objem investic ani počet nově vytvořených pracovních míst, které plánovali při žádosti o pobídku.

MPO také nemusí sledovat a nesleduje dodatečné náklady státu, které pobídky provázejí, ani je nezapočítává do výdajů na tyto pobídky. Jde například o budování infrastruktury u průmyslových zón, ve kterých působí podpořené společnosti, nebo o náklady na posílení policie v souvislosti se zaměstnáváním cizinců v těchto zónách. MPO nesleduje ani dopad pobídek na další podniky v regionu, které působí ve stejném oboru jako příjemci pobídky.