Stanici tvoří i po rekonstrukci tři dopravní koleje. Vlaky na trase Rumburk - Šluknov - Mikulášovice dolní nádraží - Dolní Poustevna mohou využívat buď vnější nástupiště u koleje číslo 1 před výpravní budovou, nebo kolej číslo 2 u poloostrovního nástupiště. U něj zastavují také spoje jezdící do Panského a Rumburku z koleje číslo 3. Všechny nástupní hrany mají normovou výšku 550 milimetrů nad kolejí a délku 90 metrů. Příchod k vlakům je plně bezbariérový, cestující se dostanou na poloostrovní nástupiště přes centrální přechod, který bude zabezpečený výstražnou signalizací.

Dosavadní ruční přestavování výhybek nahradilo nové zabezpečovací zařízení. Tím se výrazně zkrátila doba nutná pro křižování vlaků. V celé stanici se instalovalo nové osvětlení a také mobiliář. Rekonstrukcí prošel i informační a orientační systém. Vedle staničního rozhlasu přibyla rovněž informační tabule s odjezdy vlaků.

Na železničním přejezdu v obvodu stanice a na silnici III/2674 mezi zastávkami Vilémov u Šluknova a Horní Poustevna doplnila výstražné kříže světelná a zvuková signalizace. Právě v těchto dnech navíc dochází k rekonstrukci přejezdových konstrukcí na příjezdové komunikaci k nádraží a na hlavní silnici mezi Mikulášovicemi a Vilémovem, které nejsou součástí projektu. Stejně tak loňskou nepřetržitou výluku Správa železnic využila k opravám v navazujících úsecích. V rámci prací se tak mimo jiné provedla výměna dřevěných pražců za ocelové ve tvaru Y až k Vilémovskému viaduktu.

Projekt Rekonstrukce ŽST Mikulášovice dolní nádraží je spolufinancovaný EU v rámci Operačního programu Doprava. Celkové odhadované náklady projektu činí 138 114 387 Kč bez DPH, maximální výše podpory EU tvoří 85 % z celkových uznatelných nákladů. Národní financování zajišťuje Státní fond dopravní infrastruktury. Zhotovitelem prací byla Společnost PORR a.s. a AŽD Praha s.r.o.

Další akci navazující na rekonstrukci kolejové části stanice bude ještě oprava její výpravní budovy. Práce budou zahrnovat celkovou opravu omítky a zastřešení krytého nástupiště, ve vnitřních prostorách se zrenovují veřejná WC a čekárna. Opravami projdou také rozvody vody, kanalizace a elektroinstalace. Zlepší se odvod dešťových vod z objektu, upraví se také okolní plochy.