Případy neúspěšných hnízdění nebo opuštěných lokalit často souvisejí s rušením - třeba i jen v důsledku zvýšeného pohybu turistů, případně prováděním lesnických prací, ale rovněž se změnami, ke kterým v důsledku kůrovcové kalamity v lesních komplexech dochází. Tyto rozsáhlé změny představují ohrožení i pro další zvláště chráněné druhy ptáků hnízdících v lesních komplexech - zejména čápa černého, včelojeda lesního, ostříže lesního a rovněž i druhů využívajících k hnízdění dutiny stromů jako je kulíšek nejmenší, sýc rousný a holub doupňák. Všechny vyjmenované druhy patří mezi silně ohrožené.

"Stromy napadené kůrovcem je jednoznačně nutné odtěžit. Těžbu v širším okolí hnízd je však třeba realizovat v období od konce června do začátku ledna. V tomto směru již byla na mnoha místech navázána aktivní spolupráce s odbornými lesními hospodáři či vlastníky lesa. Při velmi rozsáhlé nahodilé těžbě se v některých případech jeví jako vhodné ponechání vlastního hnízdního stromu společně s několika dalšími v bezprostředním okolí. I když orli vykazují k původním hnízdům značnou vazbu, solitérní strom je pro ně již zcela nevyužitelný," popisuje stav Jana Nováková z odboru životního prostředí a zemědělství Krajského úřadu Kraje Vysočina.

Na ochraně orlů mořských se podílí i letecká základna v Náměšti nad Oslavou. Díky vstřícnému přístupu ze strany Armády České republiky byla právě s ohledem na hnízdění orlů mořských na Třebíčsku vytvořena i několikakilometrová bezletová zóna.