Příjemce podpory má povinnost předložit MMR dokumentaci k závěrečnému vyhodnocení akce. Tyto materiály jsou pro MMR stěžejní pro posouzení, zda podpořené projekty dosáhly stanoveného účelu. NKÚ však zjistil, že MMR zmíněnou dokumentaci ve většině případů nezkontrolovalo ani tři roky po ukončení projektu. Tím pádem nemá aktuální, správné a úplné informace o efektivnosti akce. Podle NKÚ jde o závažné selhání vnitřního kontrolního systému MMR.

Ministerstvo například nezjistilo, že na místě, kde měla být expozice průmyslu, obchodu a zemědělství, byl jen prázdný prostor bez viditelných stavebních úprav. Peněžní prostředky ve výši téměř dvou milionů korun tak byly podle NKÚ vydány nehospodárně a neúčelně. Nebyly totiž použity na úhradu stavebních prací a instalaci expozic, jak bylo deklarováno. Dalším příkladem neúčelnosti je projekt na vybudování říční sauny na břehu Svratky. Kontroloři NKÚ na místě zjistili, že objekt je využíván i jako bistro/kavárna. Použitím dotace na výstavbu stravovacího zařízení příjemce podpory porušil zásady dotačního programu, podle nichž nelze podporu na tyto účely čerpat.

Kontroloři dále poukázali na to, že MMR neodhalilo ani některá pochybení, jež by byla schopna zachytit účinná administrativní kontrola "od stolu". Ministerstvo např. nezjistilo, že se neuskutečnila plánovaná marketingová kampaň na podporu vodní turistiky na Labi a Vltavě v Ústeckém a Středočeském kraji. Ačkoliv příjemce podpory nedoložil žádný prokazatelný doklad o tom, že by kampaň proběhla, MMR za ni zaplatilo více než 702 tisíc korun. NKÚ to hodnotí jako neúčelné a nehospodárné vynaložení prostředků.

Ačkoliv MMR v dokumentaci programu NPPCRR stanovilo, že jedním z jeho cílů je teritoriální i časové rozprostření návštěvnosti, ke snížení regionálních nerovností program nepřispěl. Zejména v případě podprogramu "Marketing" existuje podle kontrolorů NKÚ mnoho lokalit, ve kterých nebyl podpořen žádný projekt. Nejvíce projektů bylo podpořeno v okrese České Budějovice, naopak velmi nízká podpora je v okresech celého Ústeckého či Karlovarského kraje. O mnoho lepší situace není ani v okresech Kraje Vysočina nebo ve Středočeském kraji.