Ministerstvo většinou jen administrativně zpracovávalo žádosti, místo aby se zabývalo hlavně tím, nakolik je předkládaný projekt pro regionální zdravotnictví nezbytný a přínosný, zda splňuje všechny náležitosti nebo jestli odpovídá záměrům ministerstva. Akce k podpoře ve skutečnosti ve většině případů vybíraly kraje, které přitom byly často samotnými žadateli o dotace.

V praxi resort například přijímal žádosti o dotace po termínu, 80 procent z prověřovaných žádostí bylo nekompletních, přesto je MZd nevyřadilo, a ani v jiných případech resort netrval na dodržování stanovených podmínek. V neposlední řadě MZd také poskytlo příjemci dotaci přesahující čtyři miliony korun na akci, jejíž součástí byla i rekonstrukce ubytoven. Rozdělované peníze přitom měly směřovat na financování nejnutnějších investic spojených s poskytováním zdravotní péče v regionálním zdravotnictví. Ve výsledku takovýmto postupem resort vytvářel nerovné podmínky pro uchazeče o podporu.

Kontroloři také posuzovali, jak MZd přistoupilo k nápravným opatřením, která mělo přijmout na základě předchozí kontroly NKÚ na stejné téma. Jedním z opatření mělo být zlepšení kontrol u příjemců dotací. Ukázalo se ale, že v letech 2014 až 2017 resort neudělal u příjemců těchto dotací ani jednu kontrolu na místě a žádnou neplánoval ani na rok 2018.