NKÚ upozornil, že ačkoliv vlivem poskytnuté podpory mělo dojít ke snížení počtu akutních lůžek návazné zdravotní péče o 13 % na cílových 38 368 lůžek na konci roku 2023, průběžně vykazované hodnoty vypovídají o opaku. Zatímco v roce 2014 bylo těchto lůžek 44 211, v roce 2020 jejich počet mírně vzrostl na 44 408. Vzhledem k tomuto vývoji existuje riziko, že cíle nebude dosaženo.

Podpora měla mj. umožnit přístup ke kvalitním zdravotním službám ve všech regionech. MMR však při přípravě podmínek výzev problém regionální nerovnosti v kvalitě a dostupnosti zdravotní péče zcela opomenulo. Podpora zdravotnictví v regionech byla při původním rozdělení dotací v roce 2016 nevyvážená. Zatímco nemocnicím v pěti krajích, které podaly žádost dříve, odsouhlasilo MMR peníze na všechny projekty, např. Nemocnice Pardubického kraje by zůstala zcela bez podpory, protože na ni již žádné dotace nezbyly. A například požadavky nemocnic v Ústeckém kraji by byly naplněny jen asi z jedné pětiny. MMR situaci napravilo až v březnu 2019, necelé dva roky před koncem programového období 2014-2020, a to jen díky přesunutí volných zdrojů z jiného operačního programu, ve kterém se nedařilo prostředky z EU čerpat.

NKÚ zkontroloval osm nemocnic - vybraných příjemců dotací, u kterých prověřil celkem 16 projektů představujících v souhrnu desítky nákupů zdravotnické techniky. Většina z projektů podpořených Ministerstvem pro místní rozvoj neměla stanoven konkrétní a měřitelný cíl, kterého má být financováním dosaženo. K podpoře byly schváleny projekty s obecnými cíli typu: "posílení ekonomického a společenského rozvoje města" či "zvýšení pozitivního vnímání poskytovatelů zdravotních služeb veřejností".

Jedním z hodnoticích kritérií pro přidělení dotace bylo také prokázání potřebnosti projektu. To však bylo ze strany CRR hodnoceno pouze formálně, což nezaručovalo, že dotace půjde na skutečně nezbytné aktivity. Ilustrují to příklady z Nemocnice Vyškov a Nemocnice Jihlava, které požadovaly dotaci na zakoupení celkem sedmi operačních stolů s nosností 360 a více kilogramů - toto vybavení je pochopitelně dražší než standardní operační stoly. Požadavek odůvodnily nárůstem počtu pacientů s morbidní obezitou. Ani jedna z nemocnic však neinformovala, kolik pacientů s hmotností nad 250 kg operovala. Žádná také nepořídila speciální lůžka a přístroje a neprovedla ani stavební úpravy, které jsou zapotřebí při péči o morbidně obézní pacienty. Otázkou tedy je, zda by každé nemocnici nestačil jen jeden takto naddimenzovaný operační stůl. Proto kontroloři vyhodnotili tyto nákupy jako omezeně hospodárné. Podobně kriticky NKÚ vyhodnotil nákup druhého mobilního anesteziologického přístroje k magnetické rezonanci Krajskou nemocnicí Liberec, ačkoliv již jedním disponovala a vzhledem k nízkému využití byl pro její potřeby dostačující. V souhrnu bylo na tyto omezeně hospodárné nákupy zdravotnického vybavení vynaloženo cca 26 mil. Kč.

Při kontrole vybraných projektů nezjistil NKÚ neoprávněné čerpání podpory, porušení pravidel pro zadávání veřejných zakázek nebo nedodržení dalších právních předpisů. Za nedostatek v účelnosti čerpání veřejných prostředků naopak považuje NKÚ situaci, kdy Nemocnice s poliklinikou Česká Lípa zprovoznila zakoupenou magnetickou rezonanci až 10 měsíců od jejího pořízení.