Kontrola začala už v průběhu otevřeného účetního období 2021. MV tak mohlo průběžně opravovat nedostatky, které kontroloři zjistili. Hodnota opravných účetních zápisů činila 915,3 milionu korun. Poté MV sestavilo účetní závěrku, v níž ale byly další nesprávnosti, které se týkaly údajů vykázaných za rok 2020. MV však i tyto nesprávnosti opravilo a sestavilo novou účetní závěrku. Po provedených opravách bylo účetnictví MV podle názoru NKÚ vedeno v souladu s právními předpisy. Nesprávnosti ve výši 13,9 milionu korun, které MV neopravilo, neměly významný dopad na účetní závěrku. Účetní závěrka v údajích, které zobrazují činnost MV, tak podle NKÚ podává věrný a poctivý obraz předmětu účetnictví.

Kontroloři prověřili i to, jak MV napravilo nedostatky z předchozí kontroly. Zjistili, že MV v plném rozsahu zavedlo nebo uskutečnilo všech 20 opatření, jež mu vláda ČR v roce 2016 uložila.