Informační podporu určenou pro řízení epidemií MZd nepřipravilo. V praxi to znamenalo, že Krajské hygienické stanice (KHS) nebyly z hlediska ICT podpory připravené na zvládání epidemických situací. Až do druhé poloviny roku 2020 jim chybělo přes 900 pracovních stanic a notebooků. O chybějící IT technice u KHS vědělo MZd minimálně od poloviny roku 2017.

Kromě toho také chyběl systém, který by umožňoval jednotnou resortní komunikaci - jeden ze základů úspěšného řízení a monitorování epidemie. Tím měl být Integrovaný systém uživatelů pro KHS. Ten měl být původně dokončen v roce 2019, ale termín MZd třikrát oddálilo. Jednotná resortní komunikační platforma tak při vyhlášení pandemie připravená nebyla.

Po vyhlášení epidemie MZd nereagovalo podle platného Pandemického plánu ČR. Ten naposledy aktualizovalo v roce 2011, jak ukázala už dřívější kontrola NKÚ. Místo toho MZd vytvořilo nové orgány, které boj s pandemií řídily. Jejich odpovědnosti ani kompetence ale nebyly jasně definovány. Případně se jejich činnosti přímo duplikovaly - jako v případě nově vzniklého centrálního řídicího týmu, který duplikoval činnost již existující Ústřední epidemiologické komise. Kromě toho MZd nevyužilo ani IT systém, s nímž Pandemický plán ČR počítal - Informační systém Pandemie.

Následný vznik a rozvoj informačních systémů pro řízení epidemie covidu-19 MZd neřídilo. Systém služeb Chytrá karanténa, který se stal novou informační podporou pro zvládání epidemie a za který resort vynaložil 387 milionů korun, byl v průběhu svého budování zatížen vysokou mírou improvizace a živelného rozvoje. V praxi se pak ukázalo, že s rostoucím počtem nakažených se nedařilo trasovat kontakty pozitivně testovaných osob. V některých obdobích klesla úspěšnost trasování pod 50 procent, v krajních případech i k přibližně 20 procentům. Nepřipravenost MZd a nedostatečné řízení kompenzovalo do určité míry pracovní nasazení Armády ČR, která mj. vyvinula aplikaci pro shromažďování dat o covidu-19, ale i zaměstnanců ÚZIS a Národní agentury pro komunikační a informační technologie.

Problematické bylo i samotné využívání některých částí Chytré karantény. V jejím rámci vznikla i aplikace eRouška. O tu byl u veřejnosti nízký zájem - celkově byla stažena v 1,6 milionu případů, aktivních aplikací bylo k září 2021 pouze půl milionu. Od října 2020 do června 2021 bylo zaznamenáno i 1,6 milionu případů nákazy covidem-19, ale jen pět procent případů nahlásilo svou pozitivitu pomocí této aplikace. S daty získanými z aplikace eRouška ve výsledku MZd nepracovalo. A to přesto, že za její vývoj a provoz zaplatilo 20 milionů korun.

Z pohledu výdajů bylo problémem i to, že MZd nesledovalo a nevyhodnocovalo výdaje určené na informační podporu. V rámci Chytré karantény se jednalo například o úhradu hovorů call center, kde se v kontrolovaném období průměrné náklady na jeden odchozí hovor pohybovaly v rozmezí od 66 do 435 Kč. Výdaje na službu provozování call center představovaly nejvýznamnější část fakturovaných nákladů v rámci systému služeb Chytrá karanténa - jednalo se o 40 % z celkových 387 milionů korun.

NKÚ také upozorňuje, že MZd nezapracovalo nově vytvořenou informační podporu do Pandemického plánu ČR ani do informační koncepce MZd. Existuje tak reálná možnost, že navzdory vynaloženým penězům nebude systém služeb Chytrá karanténa využíván při případných budoucích epidemiích.

"Teď se musíme zaměřit na to, aby vynaložené peníze nepřišly vniveč a aby se s vytvořenou infrastrukturou dál pracovalo. Bylo by velkou chybou, kdyby se stát za čas dostal do podobné situace jako teď a my bychom zjistili, že věci opět nejsou připravené a jsme znovu na začátku," řekl prezident NKÚ Miloslav Kala.