Základ IISSP tvoří architektura společnosti SAP. K zajištění provozu IISSP pořídilo MF od roku 2008 softwarové produkty, za které do ukončení kontroly zaplatilo celkem 933 milionů korun. NKÚ zjistil, že v kontrolovaných letech 2015 až 2020 MF nevyužívalo v průměru 28 % z cca 5 900 zakoupených softwarových licencí, tedy zhruba 1 600 licencí. Kontroloři vyčíslili, že za údržbu nevyužitých licencí zaplatilo MF v kontrolovaném období minimálně deset a půl milionu korun.

V roce 2019 se MF podařilo dojednat snížení počtu licencí o 400 kusů, ale bylo to podmíněno pořízením softwaru k zajištění souladu IISSP s požadavky kybernetické bezpečnosti za více než 94 milionů korun.

Celkově v kontrolovaných letech 2015 až 2020 zaplatil resort za údržbu veškerého softwaru souvisejícího s IISSP více než 365 milionů korun.

S IISSP souvisí i zavedení jednotné elektronické identifikace uživatelů, ke které se MF zavázalo v rámci plánu rozvoje tohoto systému. Ta má umožnit úředníkům jejich snadnou a jednotnou elektronickou identifikaci při práci s informačními systémy veřejné správy. Jednotná identifikace měla být původně dokončena do konce roku 2019. Termín ale MF nesplnilo a oddálilo ho na konec roku 2022. Její zavedení je jeden z cílů "Informační koncepce ČR", která je součástí programu Digitální Česko.

Kontroloři se zaměřili i na fungování tzv. service desk. Ten slouží pro uživatele IISSP k hlášení různých chyb a dalších problémů, s nimiž se mohou při práci se systémem setkat. NKÚ zjistil, že MF nesledovalo důsledně, zda tato chybová hlášení provozovatel service desk zpracovává podle smluvně daných postupů. To resortu ztěžuje vyhodnocení chybných nebo opožděných postupů dodavatele při řešení problémů a následné případné udělení sankcí.

Pro současné architektonické řešení IISSP založené na jedné z konkrétních platforem SAP dodavatel předpokládá, že ukončí její podporu do konce roku 2027. Do ukončení kontroly nerozhodlo MF o způsobu řešení přechodu na novou platformu. NKÚ upozorňuje, že odkládání rozhodnutí o budoucím technickém řešení u takto robustního informačního systému může vést k časové tísni při zadávání veřejné zakázky a ohrozit tak hospodárnost zvoleného řešení.