ECČB funguje jako platforma pro přeshraniční spolupráci s Horním Rakouskem již od roku 1998. V červnu tohoto roku podepsal hejtman Martin Kuba společně se svým hornorakouským protějškem Thomasem Stelzerem pracovní program pro roky 2021 - 2025. Součástí tohoto pracovního programu je i společné pokračování Energy Centre České Budějovice.

Hlavní náplní činnosti ECČB je organizace informačních a vzdělávacích akcí s cílem přeshraniční výměny zkušeností a know-how mezi těmito dvěma regiony a dále poskytování bezplatného a nezávislého poradenství pro širokou veřejnost, města a obce i firmy v oblasti efektivního využívání energie, výstavby a rekonstrukce budov, vytápění, využívání obnovitelných zdrojů a dotací pro energeticky úsporná opatření a obnovitelné zdroje.