Zdravotní ústavy jsou příspěvkovými organizacemi MZd a poskytují například laboratorní služby v oblasti zdravotní péče i ochrany životního prostředí nebo očkování. Roku 2012 došlo k reorganizaci zdravotních ústavů. Existují tak dva zdravotní ústavy - se sídlem v Ústí nad Labem a v Ostravě, které poskytují své služby na pracovištích i v dalších krajích.

V letech 2017 až 2019 hospodařily zdravotní ústavy se ztrátou. Jednou z příčin byl systém úhrad za laboratorní služby, které jsou hrazeny z veřejného zdravotního pojištění. Tento systém je nastaven tak, že nepočítá platbu za jednotlivé výkony, ale za jednotlivé unikátní pojištěnce1. Úhrady proto neodpovídaly skutečnému objemu uznaných výkonů, které ústavy prováděly. V letech 2016 až 2018 se kvůli tomu propadly roční výnosy ústavů v průměru o více než 20 milionů korun. Úhrady od pojišťoven přitom tvoří nejvýznamnější část výnosů. MZd však nenavrhlo žádné změny v systému úhrad, které by alespoň snížily tyto každoroční rozdíly v úhradách.

Na hospodářský výsledek zdravotních ústavů mělo vliv i to, že se zvyšovaly platové tarify státních zaměstnanců a rostly tak mzdové náklady. Ty tvořily více než 50 % celkových nákladů zdravotních ústavů. Navyšování platových tarifů se nepromítlo ani v příspěvku na provoz, jehož výši určovalo MZd, ani v úhradách od zdravotních pojišťoven, jejichž systém se neměnil. Naopak MZd vyžadovalo od zdravotních ústavů, aby sestavovaly vyrovnaný rozpočet, a to bez navýšení příspěvku na provoz.

MZd má jako zřizovatel povinnost kontrolovat zdravotní ústavy, od roku 2012 však provedlo jen jednu veřejnosprávní kontrolu, a to u Zdravotního ústavu v Ostravě. Objevilo řadu vážných nedostatků při vynakládání prostředků, jestli došlo k nápravě, už MZd nezjišťovalo. U Zdravotního ústavu v Ústí nad Labem zahájilo MZd kontrolu až v roce 2020.

Celkové výdaje zdravotních ústavů na nákupy v letech 2017 až 2019 přesáhly 1,3 miliardy korun, přičemž 85 % z této částky představovaly výdaje za nákupy, které se uskutečnily na základě zakázek malého rozsahu, a tedy mimo zadávací řízení podle zákona. Ve zdravotních ústavech však v těchto letech proběhl pouze jeden interní audit zaměřený na veřejné nakupování.

NKÚ prověřil vybrané nákupy za 239 milionů korun. U nákupů za více než 168 milionů korun zdravotní ústavy nepostupovaly podle zákona o zadávání veřejných zakázek, resp. podle rozpočtových pravidel. NKÚ proto podal oznámení příslušným finančním úřadům. Jeden z ústavů například nakupoval pravidelně stejné zboží, jako diagnostiku, kultivační média, chemikálie apod., v celkové hodnotě přes 122,5 milionu korun jen na základě objednávek. Nevypsal na tyto nákupy veřejnou zakázku v zadávacím řízení podle zákona. U nákupů za více než 31 milionů korun, které proběhly na základě zakázek malého rozsahu, pak nepostupovaly zdravotní ústavy transparentně nebo diskriminovaly svým postupem další dodavatele.

Zdravotní ústavy navíc neměly spolehlivý vnitřní kontrolní systém, který by výrazným nedostatkům předešel a zároveň vytvořil podmínky pro hospodárné a efektivní veřejné nákupy. NKÚ zjistil nedostatky ve všech fázích nákupů - od stanovení potřeb přes průzkum trhu až po stanovení obchodních podmínek a kontrolu plnění. Na nápravě začaly zdravotní ústavy pracovat až v průběhu kontroly NKÚ.