V rámci celého auditního procesu ČR zastávala pozici, že s hodnocením auditorů Evropské komise ve věci střetu zájmu nesouhlasí, přičemž tuto pozici ČR zastává nadále. Z právního pohledu je pozice ČR taková, že ze strany řídících orgánů nedocházelo a nedochází k porušování právních předpisů, včetně uplatňování zákona o střetu zájmů.

České orgány ve svých reakcích zaslaných Evropské komisi opakovaně uvedly, že řídicí a kontrolní systémy byly nastaveny v ČR v souladu s unijními a vnitrostátními pravidly upravujícími otázku střetu zájmů a že na této pozici ČR trvá. Nicméně na základě požadavku Evropské komise bylo pozastaveno předkládání žádostí o platbu u projektů, které Evropská komise označila za problémové.

Ve věci střetu zájmů dosud neexistuje pravomocné soudní rozhodnutí. Pouze soudy mohou v rámci ČR závazně vykládat právní předpisy, avšak takovým výkladem zatím české orgány nedisponují.

ČR přijala většinu nápravných opatření požadovaných závěrečnou zprávou auditu Evropské komise, včetně opatření týkajících se střetu zájmů.

Jakýkoliv střet zájmů odmítám. Je to účelový a zmanipulovaným audit uměle vyvolaný profesionálními udavači z řad Pirátů. Lex Babiš, který přijali jen proto, aby mě dostali z politiky, jsem plně vyhověl, a bývalou firmu jsem převedl do svěřenských fondů.

— Andrej Babiš (@AndrejBabis) April 23, 2021