Z obou programů, OPŽP i NZÚ, je pro veřejné instituce k dispozici na energetické úspory přes 20 miliard korun. Do poloviny roku 2020 šlo na tyto projekty 3,5 miliardy korun. Energetické úspory u veřejných budov, kterých se podařilo díky podpoře dosáhnout, představují jen jednu pětinu úspor plánovaných v rámci OPŽP. Od první výzvy v roce 2015 se do poloviny roku 2020 dokončilo jen 17 % projektů. Aktivních žádostí o podporu bylo přitom celkem dva a půl tisíce. Program NZÚ vznikl již v roce 2013, podprogram pro veřejné budovy ale Ministerstvo životního prostředí připravilo a nechalo schválit až ke konci roku 2016.

Kontrola upozornila i na to, že do programu NZÚ se nedostalo z prodeje emisních povolenek tolik prostředků, kolik by podle zákona mělo. Jedná se přitom o jediný zdroj peněz pro tento program. V kontrolovaných letech vynesly dražby emisních povolenek celkem 36 miliard korun. Podle zákona mělo jít 14,6 miliardy korun do programu NZÚ na energetické úspory. Do rozpočtu programu se místo toho dostalo jen 7,4 miliardy korun a do poloviny roku 2020 z něj bylo vyplaceno 5,3 miliardy korun. Na energetické úspory u veřejných budov šlo z této částky jen 0,5 miliardy korun.

Podpora na energetické úspory u veřejných budov má sloužit ke snížení spotřeby i u budov, které vlastní stát a používají je ústřední vládní instituce. Ty mají jít v úsporách energií příkladem. Ještě v roce 2019 ale nesplňovalo požadavky na energetickou náročnost přibližně 76 % z celkem 774 těchto budov. V roce 2019 Ministerstvo životního prostředí vyčlenilo výhradně pro vládní instituce 2 miliardy korun, zájem byl ale jen o 20 % z této částky. V polovině roku 2020 probíhalo u vládních institucí jen 13 projektů spolufinancovaných z OPŽP a NZÚ a žádný nebyl dokončen.

Podle kontrolorů existuje riziko, že se ČR nepodařilo dosáhnout úspor energií v té míře, jak ukládají cíle stanovené EU. Do konce roku 2019 se podařilo splnit cíl úspor na 71 %. Na rok 2020 tak připadalo zbylých 29 %, což představuje 28,6 TJ. Na konci července 2020 však měly plánované nové úspory energií dle údajů MPO činit 5,7 TJ/rok.

Kontroloři prověřili i 15 vybraných projektů a nezjistili, že by u nich došlo k neúčelnému nebo nehospodárnému vynaložení přidělených peněz. Kontrola však upozornila na nedostatky při administraci žádostí o podporu. Schvalování projektů navíc trvalo déle, než by mělo. U OPŽP překročilo stanovenou dobu 7 měsíců ve 40 % případů. U projektů spolufinancovaných z OPŽP i NZÚ dokonce ve všech případech a téměř vždy trvalo schvalování více než jeden rok.