I přes obtíže a omezení způsobené pandemií koronaviru fungovaly všechny programy ekonomické migrace a pomohly řadě podnikatelů řešit nelehkou situaci. "Ukazuje se, že programy ekonomické migrace s jasně nastavenými kritérii a transparentním procesem získávání pobytových oprávněních byly jednoznačně krokem správným směrem," říká vicepremiér a ministr průmyslu a obchodu Karel Havlíček a dodává: "Význam programů je navíc podtržen současnou situací, kdy programy představují jediný způsob, jak české firmy mohou získat kvalifikované zaměstnance ze třetích zemí na dlouhodobější pracovní vztah."

Vládní programy ekonomické migrace, které byly spuštěny od 1. září 2019, fungovaly ještě v první třetině roku 2020 bez jakýchkoliv omezení. To se změnilo s pandemií koronaviru, kdy v návaznosti na zákaz cestování do ČR a pozastavení přijímání žádostí o pobytová oprávnění na zastupitelských úřadech ČR došlo 12. března 2020 k pozastavení všech tří programů.

Mezi priority Ministerstva průmyslu a obchodu kromě okamžité pomoci podnikatelům, kteří potřebovali pomoc se zajištěním služebních cest zásadních obchodních partnerů a pracovníků kritické infrastruktury, patřilo i co nejrychlejší obnovení fungování programů ekonomické migrace, a to alespoň v omezené míře. K opětovnému spuštění tak docházelo postupně v souladu s rozhodnutími vlády a následně ochrannými opatřeními Ministerstva zdravotnictví, doporučeními Evropské komise a s ohledem na epidemickou situaci.

Program klíčový a vědecký personál a Program vysoce kvalifikovaný zaměstnanec byly v plném rozsahu obnoveny k 25. květnu 2020. Program kvalifikovaný zaměstnanec byl v plné šíři obnoven k 15. červnu 2020 s tím, že působnost byla limitována na země, v nichž situace umožňovala náběr žádostí na zastupitelských úřadech ČR (například na zastupitelských úřadech v Bělehradě, Kišiněvě nebo generálním konzulátu ve Lvově). K 3. srpnu 2020 byl následně obnoven provoz na většině zastupitelských úřadů ČR.